为明确中国鲎基因工程抗菌肽不同处理方式对虹鳟存活率的影响，分别在虹鳟仔鱼和成鱼两个阶段采用浸泡和混合饲料两种方式应用抗菌肽。仔鱼采集全鱼组织，成鱼采集血清及头肾组织，通过对SOD、ALP、CAT、IL-1β、IFN-γ、TNF-α等免疫相关酶水平及细胞因子表达量变化情况的检测，验证抗菌肽不同处理方式对虹鳟免疫指标的影响。结果发现，应用84U/ml抗菌肽浸泡虹鳟仔鱼10次，浸泡后第4天，试验组免疫相关酶水平明显高于对照组，其中IL-1β、IFN-γ差异极显著（P＜0.01），其他差异显著（P＜0.05）。浸泡后第15天，试验组免疫相关酶水平仍高于对照组健康鱼，其中IL-1β、IFN-γ差异极显著（P＜0.01），其他差异显著（P＜0.05），但对照组发病鱼免疫相关酶水平与试验组相比显著下降，SOD、ALP、IL-1β、IFN-γ均差异极显著（P＜0.01），其他差异显著（P＜0.05）。试验结束统计仔鱼存活率，试验组存活率高达95.1%，对照组存活率仅为29.9%。成鱼期采用混合饲料和浸泡两种方式应用抗菌肽。结果显示，混合饲料的最适添加量为50mg/kg饲料，浸泡最佳浓度为84U/mL，最佳浸泡时间为3min。研究表明，对不同处理方式进行对比，在虹鳟仔鱼期进行浸泡对虹鳟免疫指标的影响最为显著。其可能与抗菌肽种类、作用方式及养殖虹鳟疾病暴发特点有关。本研究旨在为虹鳟养殖过程中抗菌肽的应用方式提供试验依据。