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在现代文学研究领域，吴福辉这一批20世纪80年代就显露头角的学者如今在自己的领域都已各成重镇，各领风骚。与其他学者不同的是。吴福辉多方耕耘，多方开垦，多方创新，在作家作品研究、文学流派研究、语文教育研究、资料的挖掘考证、文学史研究等方面，均有建树，显示了相当个性化的学术魅力和研究特征。他的学术新作《多棱镜下》(人民文学出版社2010年2月版)是这一特征的鲜明体现。该书收集了吴福辉自1999至2009十年间所写的主要论文、演讲稿及部分别人对他的采访录等，被归为“文史寻迹”、“学科突围”、“沪上媒体”、“资料发现”、“逝者怀想”、“讲演访谈”、“我的回顾”七个专题，构成了一个立体交叉的“多棱镜”。
熔铸生命体验的作家作品研究
吴福辉的作家作品研究有一个重要特点，就是与研究对象的熟知和接近。这使得他的学术性描述往往很有画面感、现场感，显得客观、准确。他当年选择沙汀做研究对象，多次采访沙汀，不仅得到了沙汀提供的许多第一手材料如笔记、日记等，而且还第一时间和现场观察沙汀，认识和了解沙汀。此外，他还先后走访了夏衍、艾芜、吴组缃、卞之琳、苏灵扬等几十位与沙汀有交往的老作家，从不同侧面、不同角度去了解和触摸沙汀，尽可能对研究对象做到完满的把握。他的《沙汀传》还设置了传主和作者的虚拟对话，达到了传主与作者之间的心灵沟通。《多棱镜下》的“逝者怀想”部分即有8篇怀人文章，涉及了老舍、李準、叶子铭、贾植芳、赵树理、胡风、沈从文和唐驶。透过吴福辉的怀想文字，老一辈作家、学者的音容笑貌就会浮现在读者眼前。例如，他在沈从文研究中，努力从各个方面去深入了解研究对象。他在《京海两难》一文中这样描述见到沈从文时的印象和感觉：“我有幸亲睹沈从文的风采，已是他的暮年。沈先生温文尔雅，说话绵软如水，哪里像个能争辩的汉子?更没有一丝一毫的‘官’样儿。”吴福辉认为，沈从文在当年的“京海”论争中之所以能够独挑大梁，从从容容坐北向南，与人多势众的“海派”论辩，正因为他这个京派自认并不近“官”，可以安然地批“海”。如果没有对沈从文毫无“官”味儿气质的亲身感受，恐怕得不出如此生动的结论。不仅如此，吴福辉还注重研读沈从文的家书，尽可能从第一手资料去把握研究对象的特征。他通过沈从文50年代从沪上写给张兆和的几封家信来考察沈从文的上海观。(昊福辉：《沈从文的上海观——读(从文家书)有感》，《书城》，1996年6月)与研究对象如此近距离的接触和把握，使得吴福辉的研究有了灵气和活力。
吴福辉的作家作品研究的另一个特点是有着持续性的、长远的、战略性的思路和眼光。他始终关注市民文学，从沙汀、张天翼、老舍到张爱玲，他的研究始终有一个内在的线索在贯穿。虽然跨越多少年，但始终围绕市民文学，以市民文学为主要研究对象。他对市民文学的研究兴趣与他的人生体验、人生阅历有关，同时，他的市民文学研究也大大增加了他的亲和力。吴福辉有着广泛的人际交往，他朋友众多，方方面面的都有。他身上具有的浓厚的人情味与他的市民文学研究是密不可分的。这正所谓“世事洞明皆学问，人情练达即文章”。
游走双城探“京、海”
吴福辉是京派小说研究在新时期的发轫者。他写于1982年的《中国现代讽刺小说的初步成熟——试论“左联”青年作家和京派作家的讽刺艺术》一文有破冰之功，是新时期以来把京派作为一个流派进行研究的第一篇文章。文章将“讽刺”作为京派的主要特征，总结了30年代讽刺小说中的人物形象系列，还详尽分析了“丑的夸张和喜化”讽刺手法的运用，并认为“左联”青年作家和京派作家两大讽刺小说流派，成了闪耀在30年代文艺上空的双子星座。文章认为在讽刺的对象、讽刺所呈现的色彩、讽刺手法的运用等方面，京派作家与“左联”青年作家都有区别。同时，二者又有许多相同的地方，诸如其讽刺性人物都有卑微的风貌，讽刺都不避虚拟等。总之，两派作家以其各自的创作成绩共同显示了中国讽刺小说在30年代的初步成熟。这样，吴福辉最早把京派作家与“左联”青年作家放在一起进行对比研究。吴福辉1987年在《乡村中国的文学形态一<京派小说选)的前言》中指出，20世纪20年代末期京派作家群作为一个流派已显露且发展完备。京派虽然未曾结社，也未曾明确喊出某种文学口号，但是它的确已经得到世人的承认，丁玲、姚雪垠、朱光潜、司马长风在自己的谈话或文章中都曾明确提到“京派”、“京派文人”这一概念。京派的代表性刊物、报纸如《骆驼草》、《文学杂志》、《大公报·文艺副刊》等，其普遍的文化特征是平民性、民族性。京派作家多笃厚、通达、从容，其小说往往和谐、圆润，表现出一种纯情美。吴福辉还把京派置于左翼文学和右翼文学中间来区别考察，对京派作家的文化特征、创作题材、文体特征等进行了归纳概括，为京派小说建构了一个较为全面的研究体系。
吴福辉关于海派文学研究的代表性著作是《都市漩流中的海派小说》。在中国现代文学研究中，这部著作第一次系统研究了海派文学，为海派正名，探讨了海派产生的社会背景、商业特征，论述了新感觉派、张爱玲等人的创作，澄清了海派文学与鸳鸯蝴蝶派文学的关系，给予海派文学一个较为科学的界定，把中国海派文学研究推向了一个高峰，也开辟了市民文学和城市文化研究的新天地。目前，海派研究已成为吴福辉学术研究与时俱进的一个标志性符号，这从《上海(社会科学报>记者访吴福辉教授》的谈话中，可以得到证明。在这篇访谈中，吴福辉结合海派文化的特征指出了世博会对上海、对中国的意义，探讨了海派文化在城市化进程中的作用等问题。他认为上海世博会是海派文化能否有容乃大的一个检验。今天，吴福辉的海派文化研究与上海世博会同行，明天，它将伴随着市场经济的进一步发展更显其魅力。
吴福辉的京海派研究与他特殊的人生轨迹有着密切联系。吴福辉出生于抗战时期的孤岛上海，12岁之前在上海度过。1981年北大硕士毕业后进入中国现代文学馆工作，定居北京。吴福辉在定居北京之后还经常往返于北京与上海之间，他自称为“游走双城”。他热爱北京的古朴，也钟情上海的现代。他对上海地理的熟知是我们亲身感受过的。有一次，我们一起在上海开会。会议期间，得知我们要去多伦多路名人文化街考察，他随手在不到一分钟的时间里画了一张地图，并在地图上清晰地标明了各位名人故居的具体位置、故居建立时间以及左联当年成立时的地址，甚至告诉我们哪个地址是被后人搞错了的、哪个是真正的原址。这件事很小，但很能说明吴福辉对上海地理、上海文化的烂熟于心，给我们留下了深刻的印象。吴福辉拥有一份关于上海的童年经验，这份故乡给予的馈赠，为他打下了生命最初的印记，对他的影响是弥 漫性的、渗透性的，是任何力量无法阻隔、无法扯断的。吴福辉对镇海老屋的寻觅，对上海四马路的描绘、对望平街报馆的研究等就是他这种故乡情结的延长，是他精神返乡之旅的忘我跋涉。
吴福辉的京派研究和海派研究往往互为表里。他的京派研究以海派研究做参照，他的海派研究以京派做参照，有对比，有互证，才显得公允，显得深刻。他的《京派海派小说比较研究》一文，就是把京派放在地域文化的角度与海派进行比较。吴福辉认为京、海两派小说，是在中国大文化圈内代表了中国现代乡村型城市和国际都会的两种品格，两种精神特征；京派具有平民的文化性格，极喜亲近俗人俗物，诚朴而纯真；海派则是彻头彻尾的现代都市之子，往往被称为“鬼才”，机敏而趋时，具有城市文化价值判断的角度和目光。京派、海派也有共同之点，如小说中的人物均遭到社会的压制，人性扭曲；都强调创作的主体性等。这种对比性、参照性的研究真正做到了研究的客观准确。
难以割舍的语文教育情怀
在现代文学的专业学者中，吴福辉是为数不多的兼跨语文教育研究且卓有成效的学者之一，这一点，了解的人并不多。吴福辉有着近20年的中学语文教学实践，他曾教过从初一到高三各个年级的语文课。尽管他后来走上了专业的现代文学研究的道路，但他始终没有停止对语文教育问题的思考。1997年由《北京文学》引发的那场语文教育大讨论，他虽然没有直接参与，但他对世纪末语文教育大讨论是密切关注的。凭着自己丰富的语文教学实践，他深知长期困扰语文教育的政治化、工具化的弊端所在。在他自己做了多年现代文学的专业研究之后，他更加深切地体会到语文教育界与学术界严重脱节的问题。这使他多了一份对中学语文教育的忧思，同时也多了一份责任。他把与钱理群等人合作编写《新语文读本》作为一项学术工作来对待。在关于处理语文读本与精神读本的关系、当代有无“经典”、“经典性”与“现时性”的关系等问题上，他都有自己独到的见解。这些问题的解决理清了语文教材编写中涉及的理论问题。在选文时，他结合自己的研究，选出了张天翼的《我的幼年生活》、沙汀的《人物小记》、老舍的《话剧观众须知二十则》、梁遇春的《观火》等。同时他还尖锐地指出：张爱玲《流言》中的作品不适合选作课文。汪曾祺的作品叙事、抒情、状物都非中规中矩却对初学语文的人非常合适，如《受戒》、《跑警报》、《葡萄月令》等。他分析道：“不光是长度，主要是汉语的纯白，内在的生动，汪曾祺都达到了化境。单举最不起眼的《葡萄月令》的文字，该简约、干脆的就简约、干脆：‘二月里刮春风。“黑色的土地里，长出了茵陈蒿。碧绿。“六月，浇水，喷药，打条、掐须。’……该细致就细致：‘葡萄藤露出来了，乌黑的。有的梢头已经绽开了芽苞，吐出指甲大的苍白的小叶。它已经等不及了。“一串一串剪下来，把病果、瘪果去掉，妥妥地放在果筐里。……’没有干过葡萄活儿，仔细观察过的，谁敢这么写。”(《多棱镜下》，P385)这是一个既懂得作品分析又懂得语文教育规律的学者的眼光，体现了开阔的阅读视野和专业研究的水准。吴福辉运用他自己的特长把最新的学术研究成果反馈给了中小学语文教学，在现代文学研究和语文教学之间架起了一座桥梁。
钩沉史料见真功
现代文学馆丰富而独特的资料收藏，为吴福辉的资料发掘和考辨提供了较大的便利。他长期作为文学馆主管业务的副馆长，不仅对全馆的藏品成竹在胸，还常常亲自去向重要作家或作家家属征集资料。文学馆举办的作家作品展，许多展览词都是他亲手写的。他在为文学馆做资料建设的同时，也为自己的研究积累了丰富的软资源。史料对吴福辉来说，不仅是研究的材料和工具，其本身就是吴福辉学术研究的有机组成部分。之所以这样，原因是多方面的。第一，吴福辉本身对材料研究、对历史研究有浓厚兴趣。他说要以法国人帕斯卡的一句话当作自己的座右铭：“你们不要说我没有说什么新话，那些旧材料我却重新安排过了。”他又说：“我是比较偏于研究历史的，我的年龄对于跟踪当代文学的每一步发展已感吃力。我相信历史研究也有它的活力，读旧书可以出新意，讲历史陈旧故事可以寄托今人的想法，当然弯曲一点，不那么直捷和来劲儿。”(《多棱镜下》，P76-77)。第二，重视史料研究是北大学术研究的传统。当年，王瑶先生告诫他说：你把旧期刊翻开来，你啥也不看，就闻出一股味道了。吴福辉遵照先生的教导，一贯重视对旧报刊的研究。他认为，资料如果不突破，一切都是空的。在重大资料的发现里面，一定孕育着研究的重大发现。
吴福辉不仅自己重视史料研究，而且指导学生也做扎实深入的史料研究，并有重大发现。2005年，吴福辉指导他的学生李楠在研究1949年以前的上海小报时，发现上海《小日报》于1947年5月16日至31日连载了署名张爱玲的小说《郁金香》，这是一部中篇小说。后经吴福辉及张爱玲研究专家陈子善等考证，一致认为是张爱玲的作品。张爱玲尘封58年的佚文《郁金香》，终于在吴福辉及李楠的共同挖掘下出土面世。李君维，笔名东方蝃蝀。他是继张爱玲之后，在40年代中后期的上海文学史上占有特殊地位的作家。但解放后，长期不为人所知。吴福辉在1994年撰写专著《都市漩流中的海派小说》时，经陈子善牵线搭桥，采访了李君维先生，并在专著里首次披露了东方蝃蝀的小传，认定李君维是最后一个海派作家。据此，长期困扰学界的《绅士淑女图》作者之谜也由此得以完全解开。后来，吴福辉首次把李君维写入《中国现代文学三十年》修订本。2005年，吴福辉带着他的学生李楠又一次造访李君维，把从小报上复印的《补情天》交给他鉴别。最后证实了《补情天》正是李君维40年代发表于《铁报》的作品。这些都证明了吴福辉在史料挖掘方面的贡献。
吴福辉在深入挖掘史料的同时，还善于对所发现的史料进行后续性研究。他在确定《补情天》是东方蝃蝀的作品之后，又专门研究了《补情天》的存在价值。他追问《补情天》补了什么?他认为：“《补情天》给我们‘补’了现代市民文学在四十年代末期已然达到何种程度的‘课’。这篇小说的描写功夫是由‘新感觉派’培养起阅读趣味来的上海市民容易接受的。……它的价值是现代市民小说曾经具有的历史性价值。”(《多棱镜下》，P220-221)。吴福辉这种追根溯源、以史带论的治学精神令人敬佩。吴福辉还对巴金的《家》初刊时为何险遭腰斩进行了仔细的考辨。凭着对史料的熟悉，他详尽分析了《家》在1931年的《时报》上连载时中途突然停载的真正原因。过去的研究者普遍认为停载的原因是国难新闻增加，版面紧张。吴福辉则用翔实的材料否定了这种原因。最终认定中途停载的根本原因是《家》没有受到市民大众读者的青睐，报馆唯恐影响经济效益。他考察到，同一时期
熔铸生命体验的作家作品研究
吴福辉的作家作品研究有一个重要特点，就是与研究对象的熟知和接近。这使得他的学术性描述往往很有画面感、现场感，显得客观、准确。他当年选择沙汀做研究对象，多次采访沙汀，不仅得到了沙汀提供的许多第一手材料如笔记、日记等，而且还第一时间和现场观察沙汀，认识和了解沙汀。此外，他还先后走访了夏衍、艾芜、吴组缃、卞之琳、苏灵扬等几十位与沙汀有交往的老作家，从不同侧面、不同角度去了解和触摸沙汀，尽可能对研究对象做到完满的把握。他的《沙汀传》还设置了传主和作者的虚拟对话，达到了传主与作者之间的心灵沟通。《多棱镜下》的“逝者怀想”部分即有8篇怀人文章，涉及了老舍、李準、叶子铭、贾植芳、赵树理、胡风、沈从文和唐驶。透过吴福辉的怀想文字，老一辈作家、学者的音容笑貌就会浮现在读者眼前。例如，他在沈从文研究中，努力从各个方面去深入了解研究对象。他在《京海两难》一文中这样描述见到沈从文时的印象和感觉：“我有幸亲睹沈从文的风采，已是他的暮年。沈先生温文尔雅，说话绵软如水，哪里像个能争辩的汉子?更没有一丝一毫的‘官’样儿。”吴福辉认为，沈从文在当年的“京海”论争中之所以能够独挑大梁，从从容容坐北向南，与人多势众的“海派”论辩，正因为他这个京派自认并不近“官”，可以安然地批“海”。如果没有对沈从文毫无“官”味儿气质的亲身感受，恐怕得不出如此生动的结论。不仅如此，吴福辉还注重研读沈从文的家书，尽可能从第一手资料去把握研究对象的特征。他通过沈从文50年代从沪上写给张兆和的几封家信来考察沈从文的上海观。(昊福辉：《沈从文的上海观——读(从文家书)有感》，《书城》，1996年6月)与研究对象如此近距离的接触和把握，使得吴福辉的研究有了灵气和活力。
吴福辉的作家作品研究的另一个特点是有着持续性的、长远的、战略性的思路和眼光。他始终关注市民文学，从沙汀、张天翼、老舍到张爱玲，他的研究始终有一个内在的线索在贯穿。虽然跨越多少年，但始终围绕市民文学，以市民文学为主要研究对象。他对市民文学的研究兴趣与他的人生体验、人生阅历有关，同时，他的市民文学研究也大大增加了他的亲和力。吴福辉有着广泛的人际交往，他朋友众多，方方面面的都有。他身上具有的浓厚的人情味与他的市民文学研究是密不可分的。这正所谓“世事洞明皆学问，人情练达即文章”。
游走双城探“京、海”
吴福辉是京派小说研究在新时期的发轫者。他写于1982年的《中国现代讽刺小说的初步成熟——试论“左联”青年作家和京派作家的讽刺艺术》一文有破冰之功，是新时期以来把京派作为一个流派进行研究的第一篇文章。文章将“讽刺”作为京派的主要特征，总结了30年代讽刺小说中的人物形象系列，还详尽分析了“丑的夸张和喜化”讽刺手法的运用，并认为“左联”青年作家和京派作家两大讽刺小说流派，成了闪耀在30年代文艺上空的双子星座。文章认为在讽刺的对象、讽刺所呈现的色彩、讽刺手法的运用等方面，京派作家与“左联”青年作家都有区别。同时，二者又有许多相同的地方，诸如其讽刺性人物都有卑微的风貌，讽刺都不避虚拟等。总之，两派作家以其各自的创作成绩共同显示了中国讽刺小说在30年代的初步成熟。这样，吴福辉最早把京派作家与“左联”青年作家放在一起进行对比研究。吴福辉1987年在《乡村中国的文学形态一<京派小说选)的前言》中指出，20世纪20年代末期京派作家群作为一个流派已显露且发展完备。京派虽然未曾结社，也未曾明确喊出某种文学口号，但是它的确已经得到世人的承认，丁玲、姚雪垠、朱光潜、司马长风在自己的谈话或文章中都曾明确提到“京派”、“京派文人”这一概念。京派的代表性刊物、报纸如《骆驼草》、《文学杂志》、《大公报·文艺副刊》等，其普遍的文化特征是平民性、民族性。京派作家多笃厚、通达、从容，其小说往往和谐、圆润，表现出一种纯情美。吴福辉还把京派置于左翼文学和右翼文学中间来区别考察，对京派作家的文化特征、创作题材、文体特征等进行了归纳概括，为京派小说建构了一个较为全面的研究体系。
吴福辉关于海派文学研究的代表性著作是《都市漩流中的海派小说》。在中国现代文学研究中，这部著作第一次系统研究了海派文学，为海派正名，探讨了海派产生的社会背景、商业特征，论述了新感觉派、张爱玲等人的创作，澄清了海派文学与鸳鸯蝴蝶派文学的关系，给予海派文学一个较为科学的界定，把中国海派文学研究推向了一个高峰，也开辟了市民文学和城市文化研究的新天地。目前，海派研究已成为吴福辉学术研究与时俱进的一个标志性符号，这从《上海(社会科学报>记者访吴福辉教授》的谈话中，可以得到证明。在这篇访谈中，吴福辉结合海派文化的特征指出了世博会对上海、对中国的意义，探讨了海派文化在城市化进程中的作用等问题。他认为上海世博会是海派文化能否有容乃大的一个检验。今天，吴福辉的海派文化研究与上海世博会同行，明天，它将伴随着市场经济的进一步发展更显其魅力。
吴福辉的京海派研究与他特殊的人生轨迹有着密切联系。吴福辉出生于抗战时期的孤岛上海，12岁之前在上海度过。1981年北大硕士毕业后进入中国现代文学馆工作，定居北京。吴福辉在定居北京之后还经常往返于北京与上海之间，他自称为“游走双城”。他热爱北京的古朴，也钟情上海的现代。他对上海地理的熟知是我们亲身感受过的。有一次，我们一起在上海开会。会议期间，得知我们要去多伦多路名人文化街考察，他随手在不到一分钟的时间里画了一张地图，并在地图上清晰地标明了各位名人故居的具体位置、故居建立时间以及左联当年成立时的地址，甚至告诉我们哪个地址是被后人搞错了的、哪个是真正的原址。这件事很小，但很能说明吴福辉对上海地理、上海文化的烂熟于心，给我们留下了深刻的印象。吴福辉拥有一份关于上海的童年经验，这份故乡给予的馈赠，为他打下了生命最初的印记，对他的影响是弥 漫性的、渗透性的，是任何力量无法阻隔、无法扯断的。吴福辉对镇海老屋的寻觅，对上海四马路的描绘、对望平街报馆的研究等就是他这种故乡情结的延长，是他精神返乡之旅的忘我跋涉。
吴福辉的京派研究和海派研究往往互为表里。他的京派研究以海派研究做参照，他的海派研究以京派做参照，有对比，有互证，才显得公允，显得深刻。他的《京派海派小说比较研究》一文，就是把京派放在地域文化的角度与海派进行比较。吴福辉认为京、海两派小说，是在中国大文化圈内代表了中国现代乡村型城市和国际都会的两种品格，两种精神特征；京派具有平民的文化性格，极喜亲近俗人俗物，诚朴而纯真；海派则是彻头彻尾的现代都市之子，往往被称为“鬼才”，机敏而趋时，具有城市文化价值判断的角度和目光。京派、海派也有共同之点，如小说中的人物均遭到社会的压制，人性扭曲；都强调创作的主体性等。这种对比性、参照性的研究真正做到了研究的客观准确。
难以割舍的语文教育情怀
在现代文学的专业学者中，吴福辉是为数不多的兼跨语文教育研究且卓有成效的学者之一，这一点，了解的人并不多。吴福辉有着近20年的中学语文教学实践，他曾教过从初一到高三各个年级的语文课。尽管他后来走上了专业的现代文学研究的道路，但他始终没有停止对语文教育问题的思考。1997年由《北京文学》引发的那场语文教育大讨论，他虽然没有直接参与，但他对世纪末语文教育大讨论是密切关注的。凭着自己丰富的语文教学实践，他深知长期困扰语文教育的政治化、工具化的弊端所在。在他自己做了多年现代文学的专业研究之后，他更加深切地体会到语文教育界与学术界严重脱节的问题。这使他多了一份对中学语文教育的忧思，同时也多了一份责任。他把与钱理群等人合作编写《新语文读本》作为一项学术工作来对待。在关于处理语文读本与精神读本的关系、当代有无“经典”、“经典性”与“现时性”的关系等问题上，他都有自己独到的见解。这些问题的解决理清了语文教材编写中涉及的理论问题。在选文时，他结合自己的研究，选出了张天翼的《我的幼年生活》、沙汀的《人物小记》、老舍的《话剧观众须知二十则》、梁遇春的《观火》等。同时他还尖锐地指出：张爱玲《流言》中的作品不适合选作课文。汪曾祺的作品叙事、抒情、状物都非中规中矩却对初学语文的人非常合适，如《受戒》、《跑警报》、《葡萄月令》等。他分析道：“不光是长度，主要是汉语的纯白，内在的生动，汪曾祺都达到了化境。单举最不起眼的《葡萄月令》的文字，该简约、干脆的就简约、干脆：‘二月里刮春风。“黑色的土地里，长出了茵陈蒿。碧绿。“六月，浇水，喷药，打条、掐须。’……该细致就细致：‘葡萄藤露出来了，乌黑的。有的梢头已经绽开了芽苞，吐出指甲大的苍白的小叶。它已经等不及了。“一串一串剪下来，把病果、瘪果去掉，妥妥地放在果筐里。……’没有干过葡萄活儿，仔细观察过的，谁敢这么写。”(《多棱镜下》，P385)这是一个既懂得作品分析又懂得语文教育规律的学者的眼光，体现了开阔的阅读视野和专业研究的水准。吴福辉运用他自己的特长把最新的学术研究成果反馈给了中小学语文教学，在现代文学研究和语文教学之间架起了一座桥梁。
钩沉史料见真功
现代文学馆丰富而独特的资料收藏，为吴福辉的资料发掘和考辨提供了较大的便利。他长期作为文学馆主管业务的副馆长，不仅对全馆的藏品成竹在胸，还常常亲自去向重要作家或作家家属征集资料。文学馆举办的作家作品展，许多展览词都是他亲手写的。他在为文学馆做资料建设的同时，也为自己的研究积累了丰富的软资源。史料对吴福辉来说，不仅是研究的材料和工具，其本身就是吴福辉学术研究的有机组成部分。之所以这样，原因是多方面的。第一，吴福辉本身对材料研究、对历史研究有浓厚兴趣。他说要以法国人帕斯卡的一句话当作自己的座右铭：“你们不要说我没有说什么新话，那些旧材料我却重新安排过了。”他又说：“我是比较偏于研究历史的，我的年龄对于跟踪当代文学的每一步发展已感吃力。我相信历史研究也有它的活力，读旧书可以出新意，讲历史陈旧故事可以寄托今人的想法，当然弯曲一点，不那么直捷和来劲儿。”(《多棱镜下》，P76-77)。第二，重视史料研究是北大学术研究的传统。当年，王瑶先生告诫他说：你把旧期刊翻开来，你啥也不看，就闻出一股味道了。吴福辉遵照先生的教导，一贯重视对旧报刊的研究。他认为，资料如果不突破，一切都是空的。在重大资料的发现里面，一定孕育着研究的重大发现。
吴福辉不仅自己重视史料研究，而且指导学生也做扎实深入的史料研究，并有重大发现。2005年，吴福辉指导他的学生李楠在研究1949年以前的上海小报时，发现上海《小日报》于1947年5月16日至31日连载了署名张爱玲的小说《郁金香》，这是一部中篇小说。后经吴福辉及张爱玲研究专家陈子善等考证，一致认为是张爱玲的作品。张爱玲尘封58年的佚文《郁金香》，终于在吴福辉及李楠的共同挖掘下出土面世。李君维，笔名东方蝃蝀。他是继张爱玲之后，在40年代中后期的上海文学史上占有特殊地位的作家。但解放后，长期不为人所知。吴福辉在1994年撰写专著《都市漩流中的海派小说》时，经陈子善牵线搭桥，采访了李君维先生，并在专著里首次披露了东方蝃蝀的小传，认定李君维是最后一个海派作家。据此，长期困扰学界的《绅士淑女图》作者之谜也由此得以完全解开。后来，吴福辉首次把李君维写入《中国现代文学三十年》修订本。2005年，吴福辉带着他的学生李楠又一次造访李君维，把从小报上复印的《补情天》交给他鉴别。最后证实了《补情天》正是李君维40年代发表于《铁报》的作品。这些都证明了吴福辉在史料挖掘方面的贡献。
吴福辉在深入挖掘史料的同时，还善于对所发现的史料进行后续性研究。他在确定《补情天》是东方蝃蝀的作品之后，又专门研究了《补情天》的存在价值。他追问《补情天》补了什么?他认为：“《补情天》给我们‘补’了现代市民文学在四十年代末期已然达到何种程度的‘课’。这篇小说的描写功夫是由‘新感觉派’培养起阅读趣味来的上海市民容易接受的。……它的价值是现代市民小说曾经具有的历史性价值。”(《多棱镜下》，P220-221)。吴福辉这种追根溯源、以史带论的治学精神令人敬佩。吴福辉还对巴金的《家》初刊时为何险遭腰斩进行了仔细的考辨。凭着对史料的熟悉，他详尽分析了《家》在1931年的《时报》上连载时中途突然停载的真正原因。过去的研究者普遍认为停载的原因是国难新闻增加，版面紧张。吴福辉则用翔实的材料否定了这种原因。最终认定中途停载的根本原因是《家》没有受到市民大众读者的青睐，报馆唯恐影响经济效益。他考察到，同一时期