【摘 要】
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摘要[目的]運用生物信息學方法预测两歧双歧杆菌PRL2010锚定于细胞壁的蛋白和功能分析，为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制奠定基础。[方法]用Phobius和SignalP 4.0软件对两歧双歧杆菌PRL2010全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测，同时采用COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）功能数据库对预测的细胞壁蛋白进行功能注释和聚
【机 构】
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佳木斯大学理学院,黑龙江佳木斯,154007佳木斯大学生命科学学院,黑龙江佳木斯,154007;佳木斯大学机械工程学院,黑龙江佳木斯,154007;
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[目的]运用生物信息学方法预测两歧双歧杆菌PRL2010锚定于细胞壁的蛋白和功能分析,为后续研究该菌与宿主相互作用的分子机制奠定基础.[方法]用Phobius和SignalP4.0软件对两歧双歧杆菌PRL2010全基因组编码蛋白中细胞壁蛋白进行预测,同时采用COG(ClusterofOrthologousGroupsofproteins)功能数据库对预测的细胞壁蛋白进行功能注释和聚类分析.[结果]两歧双歧杆菌PRL2010基因组1706个编码蛋白中,28个蛋白含有细胞壁的锚定结构域.细胞壁蛋白功能分析结果显示,28个细胞壁蛋白中,21个蛋白没有功能注释,7个蛋白有功能注释,其中1个蛋白(exo-alpha-sialidase)参与碳水化合物代谢与转运,2个蛋白(bacteriophageendolysin和cellwall-associatedprotein)参与细胞壁和细胞膜的生物合成,2个蛋白(hypotheticalproteinBBPR_0440和Subtilisinfamilypeptidase)参与蛋白质翻译后修饰,1个蛋白(beta-n-acetylhexosaminidaseNagZ)参与细胞内运输、分泌和囊泡运输,1个蛋白(metallophosphoesterase)功能只是预测的.[结论]两歧双歧杆菌PRL2010的大多数细胞壁蛋白功能未知,还需要在以后的研究中进一步分析和注释.
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