菏泽因牡丹而出名，有“中国牡丹之都”的美誉。牡丹产业作为一个新兴产业，开发潜力巨大，发展前景十分广阔，被国内外各界人士广泛关注。菏泽市委、市政府高度重视发展牡丹产业，科学谋划，坚持行政推动与市场驱动相结合，立足现有牡丹种植大户实施“倍增计划”，引导工商资本进入牡丹产业领域，逐步扩大牡丹种植面积，拉长产业链条，提高牡丹产业综合竞争力，着力拓展牡丹深加工的广度和宽度，牡丹产业发展走上了快车道。
　　菏泽市牡丹种植规模化程度不断提高。近年来，菏泽市牡丹种植规模不断扩大，为牡丹深加工打基础，产业化飞速发展。目前，菏泽牡丹种植总面积达46万亩，牡丹花卉专业村35个，专业户1万余户，反季节牡丹温室催花大棚1000多座，年产标准化牡丹观赏种苗1000万株，四季催花牡丹300万盆，牡丹鲜切花400万支，为牡丹产业的发展“保驾护航。”牡丹产业年产值15亿元以上，是世界上面积最大、品种最多、花色最全的牡丹栽培、加工、出口和观赏旅游基地。
　　2011年3月，牡丹籽油获得国家卫生部“新资源食品”认证，标志着牡丹籽油正式进入产业通道。2013年1月，国家林业局将菏泽市列为全国油用牡丹生产基地试点区，菏泽市正借助试点机遇，拟到2020年建设牡丹籽油料基地200万亩。
　　菏泽牡丹深加工发展迅速，产业化效应凸显。“菏泽市从事牡丹深加工的企业达到120多家，牡丹出口企业达到11家，各类牡丹生产加工、销售企业达到1000家，重点培育了菏泽尧舜牡丹生物科技有限公司、山东盛华农业发展有限公司、瑞璞牡丹产业科技、绮园牡丹产业开发有限公司等企业。”菏泽市牡丹产业化办公室副主任陈学湘说。除了成功开发出了牡丹籽油外，还开发出了牡丹“不凋花”、牡丹酒、牡丹茶、牡丹胶囊、牡丹营养食品、牡丹日用品、牡丹食用菌已培育成功;牡丹酚、芍药皂甙等有益成分的提取工艺正在深层次研发。其中尧舜产业园牡丹籽油年加工能力达到1万吨，牡丹籽油软胶囊年生产能力达到10亿粒;盛华公司年加工牡丹花茶1千吨。
　　尧舜牡丹产业园总投资20亿元，建设了牡丹生产加工、科技研发、观光旅游等多个功能区，在主要生产牡丹籽油的基础上，还开发生产化妆品、旅游纪念品等牡丹系列深加工产品。盛华牡丹产业园以生产牡丹茶饮、牡丹食品、牡丹精油等产品为主，同时规划了牡丹种植示范区、牡丹观赏区、牡丹加工区等专业区域。
　　牡丹产业成为菏泽特色产业，牡丹深加工“遍地开花”。“到2016年，我们扶持壮大10家龙头企业，发展100万亩以上种植基地，培育打造千亿级牡丹产业，扶持和带动万户贫困家庭脱贫致富。通过大力实施“十百千万工程”，使牡丹产业真正成为菏泽的特色支柱产业。”陈学湘告诉记者，“菏泽牡丹产业涵盖一、二、三产业各个方面，由牡丹种植业、牡丹产品加工业、牡丹文化旅游及相关服务业组成。”菏泽市政府提出今后将努力发展资源优势，推动牡丹产业加快一二三产业融合发展，做大做强特色产业。随着研发不断深入，牡丹深加工将进一步延伸到医药化工、日用化工、食用菌种植、旅游观光、生态保护等9大领域。