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细胞内的很多重要生理过程，如细胞信号转导、免疫反应、基因复制、转录、翻译以及细胞周期调控等，都是通过蛋白质复合体或蛋白质分子间相互作用来完成的，因此要充分理解和认识这些复杂生理过程，必须要解析蛋白质复合物结构并了解蛋白质相互作用过程发生的构象变化。然而当前研究结构的实验方法如X-射线衍射和核磁共振等，尚难以解析蛋白质复合物的结构，这使得理论模拟方法受到了越来越多的重视，并迅速发展和应用。早期蛋白质_蛋白质对接或蛋白质与小分子对接算法中，大都将目标蛋白简化处理为刚性分子，显然这种刚性简化过程可能会造成预测结