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为了提高编队防空反导的整体作战能力,使编队在同时面临多种威胁时能充分有效的发挥编队内部的防空反导资源,将克隆选择免疫算法应用到编队抗导资源调度模型建立与仿真中,针对作战调度的特殊要求,提出了一种能有效表达特种抗体数据结构的染色体矩阵编码方案和最大抗导成功概率算法,给出用于产生高效的抗导调度结果的克隆免疫算子,通过调度实例验证了算法的正确性和有效性,进行了性能对比,在大多数情况下,免疫算法取得了比现有启发式算法更好的求解结果。