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转录因子－ＤＮＡ的识别包含普遍性的化学规律和特异性立体化学规律。转录因子的识别螺旋以特异性方式结合于ＤＮＡ，位于一侧的大沟内，识别螺旋的“残基连线”和碱基的“碱基连线”之间吻合使两者安全匹配，它通常涉及最多３圈α螺旋和３￣％ｂｐ。决定氨基到残基和碱基相互关系的结合几何图形表示为立体化学图，它表明了识别的特异性。在该基因上总结成转录因子识别ＤＮＡ的立体化学规律。