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近年来，随着单细胞技术的不断更新和发展，以单细胞转录组测序为代表的测序技术在世界范围内快速普及，该技术极大促进了我们对生物体内细胞异质性的理解。单细胞测序则是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序，旨在深层次了解同类细胞的不同亚群的分布及状态、相互作用等。单细胞测序技术的研究成果涉及肿瘤分型、靶向用药、免疫治疗，动植物胚胎发育，心血管疾病的发生发展机制等众多研究领域。同时，单细胞测序在微量检测技术方面的优势，包括新物种鉴定、病原筛查、病原进化、耐药监测和临床诊断等；还包括宿主层面的免疫应答，靶点评估及抗体筛查等。本文从单细胞测序技术在肠道研究中的应用现状进行详细综述，以期为后续研究提供参考。