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目的 以16S rRNA部分基因直接测序为基础分析细菌性眼内炎中的病原菌,建立眼内标本病原菌非培养检测方法.方法 收集50例患者房水或玻璃体液标本,提取细菌DNA,16SrRNA基因通用引物PCR,扩增产物直接测序,通过核酸序列比对微生物种属鉴定,同时与传统方法进行比较.结果 50例标本中,直接涂片阳性22例(44%),细菌培养阳性13例(26%),PCR检测阳性28例(56%),成功测序22例,序列鉴定率为44%.16S rRNA基因序列鉴定与培养鉴定结果不完全吻合.结论 分子诊断对明确细菌性眼内炎感染有指导意义。