党的十八届四中全会公报指出:"优化司法职权配置,推动实行审判权和执行权相分离的体制改革试点。最高人民法院设立巡回法庭,探索设立跨行政区划的人民法院和人民检察院。"从全国主要跨省区流域污染的若干重大案件的问题入手,提出了治理这类污染问题面临的困境;从法经济学和现有司法体制的角度分析了导致这些案件发生的主要原因;探讨了在解决跨省区流域污染案件中的司法机制的缺陷;并提出了解决这些跨省区流域污染案件的四大对策:一是在国家层级上将司法辖区与行政辖区分开,即建立跨省级行政区的若干大区法院或巡回法院,专门受理省级行政区之间的跨区冲突案例;二是将现行的法院的经费与人事任免的横向关系改变为从最高法院到基层法院的纵向垂直关系;三是可以尝试由最高人民法院内设立巡回派出法庭,为建立全国大区法院或巡回法院的过渡;四是建立法官独立的保障机制。最终从司法体制上解决跨省的地方司法保护主义的问题。