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代谢组学分析侧重于生物样品中大量的小分子代谢物的检测。目前,越来越多的专家学者将其应用于中草药的分析研究中。代谢组学分析被用于识别中草药的来源和地理分布,或者用于研究其对动物和人的药理作用和临床安全性。目前,核磁共振法、质谱法和液质联用法是代谢组学分析应用最广泛的方法,并且仪器的发展在代谢组学研究中草药在体内外代谢的生物标志物方面是一大驱动力。