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对菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）和杂色蛤仔（Ruditapes variegata）的线粒体16SrRNA基因和CO I基因序列进行了分析。结果表明，16S序列共有117个变异位点，CO I序列共有160个变异位点，CO I基因编码的219个氨基酸序列中有29个不同。根据16S序列和CO I基因编码的氨基酸序列进行聚类分析，两种蛤仔与硬壳蛤（Mercenaria mercenaria）之间的聚类结果并不一致，有必要对缀锦蛤亚科更多的相近种进行序列分析。