中国制造业在我国拥有坚实的基础地位和完善的工业体系,一直备受政府的关注,但在技术创新方面却鲜有突破。根据政府最新的战略发展纲要,制造业创新发展成为最为重要的议题,而创新作为成长的源泉也会促进制造业的发展。现有研究业已证实了创新投入与企业绩效的正相关关系,但对投入要素的配置与使用效率却少有研究,而效率的高低又受到各种各样因素的影响。随着上市公司信息披露的公开透明化,对其进行深入研究越来越便利,因此对制造业创新效率的评价与分析就成了极为重要的问题。本文以2014年沪、深两市215家制造业上市公司为研究对象进行DEA和SFA分析,充分借鉴了国内外研究的结论与成果,结合对实际情况的分析,提出创新效率的影响因素,运用Stata12.0建立回归模型,分析得出的结果是：215家制造业上市公司创新效率低下,DEA1、DEA2效率均值分别为0.169和0.283,SFAl、SFA2效率均值分别为0.236、0.402,高、低端二者分组间仅DEA2存在显著差异；进一步配对检验后,DEA与SFA方法下的效率值具有高度相关性,均值差异显著,各行业效率排序具有一致性；DEA1、SFA1效率显著低于DEA2、SFA2效率；财务状况与DEA2、SFA2显著正相关；国有产权哑变量与SFA1、DEA1显著正相关,与SFA2、DEA2显著负相关；国际化哑变量与SFA1、DEA1显著正相关。据此,本文建议上市公司应合理配置资源投入,促进科技成果商业化；完善企业管理制度,增强自主创新的动力；适度扩大企业规模,提高国际市场竞争力。本文的创新之处在于：找出了能够较为恰当地评价上市公司创新效率的指标,提出了以专利申请量为产出和以营业收入、总资产收益率为产出的两类创新效率；研究结论部分否定了国有产权创新效率低下的观点,肯定了国有产权在专利产出效率方面的贡献；提出高端制造业创新发展方式应从高投入转向高效率：制造业创新效率低下的状况可以通过融资、国际化等途径寻求改善。