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分子标记是目前研究比较多的一类遗传标记,遗传标记主要包括有形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记等。前3种是基因表达的结果,是对基因差异的间接反映,易受环境和其他因素的影响。而分子标记直接从DNA分子水平上反映差异,不受环境、发育阶段、组织等的影响,稳定可靠,多态性好,因而在家畜育种中被广泛利用,特别是在标记辅助选择中。标记辅助选择利用分子标记与QTL之间的连锁不平衡,通过对分子标记的选择来实现对QTL的选择达到家畜育种目的。