棉纤维次生壁加厚期cDNA-AFLP表达谱剖析和转录组图谱构建

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棉纤维强度主要由棉纤维次生壁加厚期决定.以陆地棉品种中棉所8号和海岛棉品种Pima90-53建立的包含109个单株的种间杂交F2群体为材料,用cDNA-AFLP对棉纤维发育次生壁加厚期(20~25DPA)基因表达谱进行剖析,并构建了次生壁加厚期转录组图谱.37对AFLP引物组合共检测到138个多态性表达片段(transcript-derived fragments,TDFs),大小在100~722bp之间,其中75个TDFs(53.62%)在亲本和F2单株中均具有多态性.在75个TDFs中,37个和已发表的棉纤维EST同源性较高;9个和已克隆的棉纤维基因,如半胱氨酸蛋白激酶、液泡H+-焦磷酸激酶、液泡H+-ATP催化亚基、半乳糖蛋白、受体蛋白激酶、GIA/RGA-赤霉素应答元件和纤维素合成酶等的编码基因同源性高;其他TDFs可能代表棉纤维发育过程中的新基因片段.在75个TDFs中,有46个集中分布在一个连锁群上. The strength of cotton fiber was mainly determined by the secondary wall thickening of cotton fiber.The F2 population of 109 cross-species interspecific hybrids established by the cotton cultivar Zhongmiansuo No.8 and the island cotton cultivar Pima90-53 were used as materials, AFLP was used to analyze the gene expression profile of secondary wall thickening stage (20 ~ 25DPA) in cotton fiber development, and the secondary wall thickening transcriptome map was constructed.37 AFLP primer combinations detected a total of 138 polymorphic Transcript-derived fragments (TDFs) were found between 100 and 722 bp in size, of which 75 TDFs (53.62%) were polymorphic in both parental and F2 individuals.77 of 75 TDFs were published Of ESTs of cotton fiber had high homology. Nine of the cloned cotton fiber genes, such as cysteine ​​protein kinase, vacuolar H + -pyrophosphate kinase, vacuolar H + -ATP catalytic subunit, galactose protein, receptor protein The genes encoding kinases, GIA / RGA-gibberellin response elements, and cellulose synthase have high homology, while other TDFs may represent new gene segments during cotton fiber development. Of the 75 TDFs, 46 are concentrated In a chain group.
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