【摘 要】
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分子动力学模拟中邻区列表算法的效率依赖于其参数的选择.作者提供了一种选择最优化参数的计算方法,通过分别使用自由粒子近似和扩散近似对所需模拟的时间进行计算,再对两种
【机 构】
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Laboratoire de Physique,UMR 5182 CNRS,Ecole Normale Superieure de Lyon,46,Allee d’Italie F-69364 Lyo
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分子动力学模拟中邻区列表算法的效率依赖于其参数的选择.作者提供了一种选择最优化参数的计算方法,通过分别使用自由粒子近似和扩散近似对所需模拟的时间进行计算,再对两种近似计算进行比较.结果表明,在密度较低或者皮肤半径较小的情况下需要采用自由粒子近似,而当密度较高或者皮肤半径较大的情况下则需要采用扩散近似.该方法的结果与Lennard-Jones流体系统的模拟结果符合得很好.
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