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从协同创新的角度出发，结合科研机构创新过程特征，在公益类科研机构创新绩效评价指标体系中引入协同创新思想和要素，构建一套更系统、更全面的评价指标体系。选取广东20家公益类科研机构作为评价对象开展实证分析，实证结果表明，这套评价指标体系能较好地反映科研机构创新绩效的真实情况，为科研绩效管理提供了更为科学的评估依据。