咖啡因是不是有“保健功能”，吸引了科学家们的目光。这类研究很多，总体而言，有一些研究显示了“没准有效”。比如有的老人饭后会因为低血压而出现晕眩，如果喝一杯含有咖啡因的饮料，就可能减轻这种症状。
　　所谓“含咖啡因的饮料”，除了咖啡之外，茶或者可可也可算在其中。帕金森病是一种常见的老年病，有调查显示咖啡因对降低其发生风险相当有效。男性每天喝三到四杯会达到最大效果，而每天一两杯也有明显作用。女性则跟饮用量关系不大，每天一到三杯就达到最大效果。不过这种效果对于吸烟的人就不存在。
　　此外，咖啡因对于降低胆结石也有一定帮助，每天400毫克咖啡因（大致三四杯咖啡），可以显示出效果来。有意思的是，对二型糖尿病的影响与摄入量的关系跟人种关系较大。比如，在欧美人群中，每天喝六杯咖啡，男性的风险可以降低一半以上，而女性则降低30%左右。而在日本人中，每天喝三杯就可降低42%。
　　除了咖啡因，咖啡还含有许多其他的“活性成分”，比如抗氧化剂。尤其是经过烘炒的咖啡豆，抗氧化剂的含量会增高。抗氧化剂有助于心血管健康，但是咖啡中也有“有害物质”，比如双萜烯类化合物，会增加心血管疾病的风险。在这种“左右互搏”的情况下，就看哪方占主导了。好在，双萜烯类化合物可以被咖啡纸滤掉，所以不推荐未经过滤的咖啡或者用金属网过滤。
　　“抗癌”作用也有类似的情况，有调查显示每天三杯咖啡，可能降低直肠癌的风险。但是，烘烤使抗氧化剂含量增高的同时，也会产生丙烯酰胺，而大剂量的丙烯酰胺在动物实验中显示了致癌性。
　　咖啡的“不良表现”远不止这些。如果每天喝太多咖啡（比如六杯以上），可能导致上瘾，对咖啡的敏感性下降，又会进一步喝得更多。喝太多，可能会导致失眠、紧张、胃部不适、恶心、呕吐、心率与呼吸加快、头痛、耳鸣等症状。对心脏病人，每天五杯就达到“不安全”的量。
　　很多人关心孕妇产妇能否喝咖啡。基于目前的科学证据，一般认为：每天不超过两杯（大概200毫克咖啡因）还是可以接受的。孕妇超过这个量，会增加流产、早产或者婴儿体重不足的风险。而母乳的产妇，超过这个量可能会刺激婴儿的消化道，以及影响婴儿睡眠等。
　　一般而言，儿童对咖啡因比成人更为敏感。考虑到回避副作用对儿童更加重要，所以建议儿童最好不要喝咖啡。
　　虽然有调查数据显示咖啡能降低二型糖尿病的风险，但是咖啡因对血糖的影响，增加和降低的研究结果都有。所以，对于糖尿病人，如果要喝咖啡的话，一定要注意监控自己的血糖变化，及时作出调整。
　　此外，咖啡也能增加钙流失。如果有骨质疏松症状，每天的咖啡因摄入就不要超过300毫克（相当于两三杯咖啡）。老年女性很容易出现骨质疏松，也就需要更加注意。
　　对于喝咖啡来说，更应该注意的是与药物的反应。最需要小心的是麻黄碱，它具有刺激神经兴奋的作用。如果加上咖啡，其效果就会大大加强，从而出现“过量服药”的症状。而含有麻黄碱的感冒药很常见，比如康泰克、白加黑等等。
　　除此以外，很多药物的代谢会跟咖啡因的代谢互相影响。这种影响有的是增加咖啡因的作用（当然包括副作用），有的是增加药物的效果，有的是降低药物的效果。药物的剂量是按照正常使用的效果来设计的，不管是增强还是减弱，都会影响治疗。能够与咖啡因互相影响的药物太多，普通人大概无法记住，所以，最简单的做法就是：在服用各种药物期间，请不要喝咖啡。
　　综合各方研究，目前比较广为接受的推荐是：健康成年人，每天喝两三杯咖啡，“益处”超过了“风险”；对于孕妇产妇，不超过两杯，也可以接受。其他的人群，就需要根据具体情况来权衡了。