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本研究以23个优良自交系为待测种，4个代表我国玉米核心种质的自交系为测验种，采用NC-Ⅱ设计组配92个杂交组合，在云南3种不同生态环境下，根据产量配合力效应进行杂种优势群分析；利用117对SSR引物检测上述27个优良自交系间的遗传多样性，并根据遗传相似系数进行聚类分析；探讨配合力与分子标记划分类群的优缺点，为今后玉米杂种优势群的研究和利用提供理论依据。