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首次采用非水毛细管电泳法对两种苏丹红染色剂-苏丹红Ⅰ与苏丹红Ⅱ进行了分离检测。考察了电泳介质、背景电解质、SDS浓度对分离的影响。当运行缓冲液为100 mmol/L乙酸钠＋35 mmol/L SDS的乙腈/甲醇（6：4， v/v）混合溶液时，两种苏丹红化合物能够在15 min内达到基线分离。各组分的峰面积与待测物浓度在0.01-0.5 mg/mL范围内呈良好的线性关系，检测限均为0.005 mg/mL。最终检测到辣椒样品中含有苏丹红Ⅱ浓度为3.040 mg/g，苏丹红Ⅰ与苏丹红Ⅱ在加标辣椒样品中的回收率分