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上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科、上海市消化疾病研究所是首批和第2、3批国家教育部重点学科、“211工程”重点学科、上海市重点学科、上海市教委重点学科、上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质控中心，2010年底又以卫生部评审全国第一名的成绩进入“国家临床重点专科（消化内科）”、以参评单位中第二名的成绩进入国家临床重点专科（卫生部重点实验室）建设行列。