筛选合适的DNA条形码序列,以建立基于DNA条形码技术的银柴胡及其混伪品鉴定方法。本文收集并提取60份银柴胡及其混伪品的DNA,对4种DNA条形码序列ITS、psbA-trnH、rbcL和matK进行PCR扩增和测序,计算各序列PCR扩增和测序成功率;利用MEGA7.0分析序列特征、计算遗传距离,并构建Neighbour-joining(NJ)系统进化树;利用种间种内变异分析做Barcoding gap图;运用BLAST方法计算各序列鉴定成功率,通过以上指标综合评价不同序列的鉴别能力。结果显示,ITS序列的PCR扩增及测序成功率最高,为95.2%,matK最低,为75%;4种序列的长度范围为211～797 bp,ITS的GC含量在各序列中最高,为54.35%;matK和ITS的鉴定成功率较高,分别为92%和90%;Barcoding gap图显示ITS有明显的间隔区,rbcL、matK和psbA-trnH序列间隔区不明显或种间种内变异有部分重叠;NJ系统进化树显示,ITS可将银柴胡聚为一支,同属混伪品二柱繁缕与银柴胡明显分为不同支,rbcL和matK不能把混伪品二柱繁缕分开。因此,ITS序列可作为银柴胡及其混伪品鉴定的优选条形码序列,为银柴胡的真伪鉴定提供科学依据。