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本文采用新版DEA方法对我国11个主要港口财务运行效率进行比较研究。该DEA方法是基于财务指标的产出导向模型。利用2007年数据，研究发现：（1）如果A港口同样的财务效率指标比B港口高，那么A港口整体效率也会比B港口高。（2）我国11个主要港口中有6个是高效率港口，盐田港为第一名。（5）营口、芜湖、重庆、上海、日照等港口效率较差。（4）财务指标DEA方法是分析港口效率的有效工具。因为在财务指标DEA方法基础上，我们可以讨论可行性财务目标指标。最后，文章提出了若干建议以改善我国港口运营效率。