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为了阐明高通量测序技术在土壤微生物多样性研究中的应用前景,归纳介绍了Solexa、454和Ion Torrent等常用高通量测序技术的原理和优点,综述了近年高通量测序技术在土壤微生物物种多样性、结构多样性、功能多样性和遗传多样性四个方面应用的研究进展,总结了高通量测序技术应用中存在的问题,并分析展望了其在土壤微生物多样性研究中的发展趋势。