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【目的】揭示真核生物基因上游转录因子结合位点的分布规律。【方法】挖掘了啤酒酵母基因组数据库（SGD）中基础域结构和β支架结构两超类（superclass）的转录因子结合在基因上游0-2000 bp的位置;将转录因子按照结构和调节基因的不同功能进行聚类,并对其组内和组间的结合位点数进行比较分析。【结果】转录因子结合位点集中分布在转录起始位点上游100-500 bp（61%）;结构差异较大的转录因子的结合位点分布差异显著（P〈0.01）;大多转录因子（19/22）在不同功能基因间结合位点分布差异不显著（P〉0