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县域经济差异研究对主体功能区建设和区域经济协调发展有重要的理论意义和现实意义。以滇中经济区42个县市（区）为研究单元，采用主成分分析法，分析了滇中经济区县域经济发展水平时空格局。结果表明：（1）滇中经济区呈现点轴式空间结构，县域经济发展水平差异显著；（2）1999～2009年县域经济发展水平差异呈波浪式扩大趋势，空间结构由极核式向点轴式演变。为了滇中经济区区域协调发展，应该强化增长极的辐射作用，优化区域空间结构，并因地制宜推进产业结构调整和协调发展。