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疼痛是与组织损伤关联的主观感觉和情感体验。外科手术会造成疼痛。疼痛会使交感神经系统兴奋，产生应激反应，对循环、呼吸、神经内分泌等系统造成影响，使心率加快、血压增高、氧耗量增加。疼痛不利于患儿咳嗽，会导致气道分泌物聚集引起肺不张及低氧血症。疼痛的以上影响对于先天性心脏病术后合并低心排血量综合征的患儿是非常不利的。另外，先天性心脏病由于手术创伤较大及应用体外循环，本身应激反应较大，因此其术后疼痛问题更应引起重视。