【摘 要】
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目的 通过探讨差异性表达的外泌体lncRNA及其调控的信号通路在结直肠癌发生、发展中的作用,以期为结直肠癌的诊断和治疗提供新的靶点.方法 使用R软件线性回归模型软件包limma包进行差异表达分析,根据筛选阈值得到显著差异表达的lncRNA和mRNA;通过计算差异表达lncRNA与mRNA皮尔逊相关性系数,获得其之间协同表达关系,通过相关系数筛选存在正向协同表达的lncRNA-mRNA关系对;分别对lncRNA的协同表达mRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析,以间接预测lncRNA的功能.结果 在32例
【机 构】
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新疆医科大学附属肿瘤医院肺内科,新疆乌鲁木齐830011;深圳大学总医院血液肿瘤科,广东深圳518055;深圳大学总医院胸心外科;深圳大学总医院病理科;新疆医科大学附属肿瘤医院胃肠外科;深圳大学总医院
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目的 通过探讨差异性表达的外泌体lncRNA及其调控的信号通路在结直肠癌发生、发展中的作用,以期为结直肠癌的诊断和治疗提供新的靶点.方法 使用R软件线性回归模型软件包limma包进行差异表达分析,根据筛选阈值得到显著差异表达的lncRNA和mRNA;通过计算差异表达lncRNA与mRNA皮尔逊相关性系数,获得其之间协同表达关系,通过相关系数筛选存在正向协同表达的lncRNA-mRNA关系对;分别对lncRNA的协同表达mRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析,以间接预测lncRNA的功能.结果 在32例健康志愿者和12例结直肠癌患者中筛选出差异性表达的外泌体lncRNA共202个、mRNA共1014个.验证出差异性表达的lncRNA-mRNA关系对10个.对lncRNA协同表达的mRNA进行功能富集显示,差异性表达的外泌体lncRNA可能与B细胞受体信号通路、NF-κB信号通路、JAK-STAT信号通路、抗原处理与呈递信号通路和NOD样受体信号通路活化密切相关.结论 深入探索外泌体lncRNA在结直肠癌中的差异性表达、功能富集及通路活化,有助于为结直肠癌的治疗提供新思路,为诊断提供新靶点.
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