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人类对水资源的集约高效利用从循环路径和循环特性两个方面改变了玛纳斯河流域水循环过程及其生态统一性，平原区水循环发生了以人工水循环为主导的二元分化。根据已有的分布式水文循环模型及水文监测资料分析得出，人工绿洲、天然绿洲、过渡带和荒漠间生态统一性出现无序化趋势，人工绿洲水分垂向循环加强，蒸发下渗量加大，而天然绿洲及过渡带水平方向径流通量减少，可利用生态水量大量减少，造成绿洲-荒漠生态呈现出对抗趋势。