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据《教育部关于公布国家重点学科的通知》(教研函(2007]4号),在新一轮国家级重点学科总结评估中,南京林业大学原有的4个国家重点学科(生态学、林产化学加工工程、木材科学与技术、林木遗传育种)全部顺利通过合格评估验收,进入“十一五”国家重点学科行列,森林保护学学科被新增为国家重点学科。在第三阶段国家重点学科一级学科认定中,