1886年8月，北洋水师结束了在朝鲜海域的演习，到日本长崎港补给保养。舰队装备精良，为首的铁甲舰定远、镇远由德国制造，号称“亚洲第一巨舰”。
　　8月13日，部分水兵登岸休闲。数名水兵跑到妓院嫖娼，由于语言不通，与店家发生争执，进而出手打坏了店内物品。两名警察赶到后，对店家有所袒护，双方再次发生斗殴，警察和水兵各有一人受伤。
　　北洋水师提督丁汝昌听说后，立即下令禁止水兵上岸。15日，他允许水兵上岸一天，但禁止他们携带水手刀，也禁止他们在岸上购买刀具。当天，清兵400多人再度上岸休闲购物。由于之前埋下的芥蒂，他们很快与日本警方再次大打出手，当地居民及散居的浪人武士也参与进来，一时间棍棒、刀剑与石块齐飞，更有许多日本居民从楼上往下浇开水，双方各死伤数十人。
　　事后，清日双方通过外交和司法途径进行了长达数月的谈判。开始，双方互不相让，清朝一度有人提出“以兵相胁”的主张。后经德、英公使斡旋，日本表示愿意通过协商解决纠纷。清朝为遏制俄国的对华野心，力主与日本结盟，日本人同意了。两国签订条约，日方支付的款项比中方多三倍，清国水兵在长崎医院的全部医疗救护费也由日方支付。
　　长崎事件在日本国内激起强烈的反清情绪，原先日本民间普遍对中华文化的崇拜和仰慕，被清朝水兵的狂妄打破。与此同时，日本军国主义思想越来越浓重。一个月后，天皇从皇室库存中拨款30万日元作为海防捐款。伊藤博文等名流则在全国各地游说，强调发展军备、海军。半年内，民众的海防捐款就超过200万日元。到1892年，日本已购买、建造了吉野号等军舰。吉野号是当时世界上航速最快的巡洋舰，原是清朝订制，但由于筹备慈禧太后生日，军费被挪用，被日本买走，后来在黄海海战中发挥了巨大作用。与此同时，李鸿章则认为，只有大张旗鼓地在亚洲造势，才能长大清帝国的志气，灭小日本的威风。于是，1891年6月，丁汝昌再度率6艘战舰赴日访问。与停泊在横滨港中的两艘日本主力战舰相比，定远、镇远舰无论是体积还是大炮、铁甲，都令日舰相形见绌。
　　然而，李鸿章公开炫耀武力的作法在日本人中产生了截然不同的看法。被誉为“日本海军之父”的胜海舟伯爵登上定远舰后被惊呆了，由此不再相信日本海军的战斗力，公开反对日本与清朝开战。而与他一同登舰参观的海军元帅东乡平八郎看到清兵在炮架上晾晒衣服，由此认定清朝水兵军纪涣散，放出“清国不足为惧，必为我军击败”的豪言。
　　这次北洋水师的出访再次刺激了日本。日本全国上下再度掀起超速扩充海军军备的高潮。不仅国会频繁批准新战舰的建造计划，天皇也从内帑中拨出180万日元，并从文武官员的薪金中抽出1/10用以制造战舰。到1893年，知耻后勇的日本海军已初具规模，共有各种军舰55艘，迅速发展成一支可以和北洋水师相抗衡的远东海军力量。尽管许多有识之士也都看到日本海军的突飞猛进，大力呼吁改善装备，但都被户部以经费短缺驳回。
　　长崎事件中，一个日本人窃取了一本北洋水兵的汉字译电本，日本电信专家据此破解了部分清朝的密码。甲午战争爆发前夕，日本外相故意给清朝公使递交了一份用汉语书写的文书。这样，通过比较截获后的电文，日本就基本掌握了清朝的密码。而清朝上下对此一无所知。更为糟糕的是，这样一个事关国是的密码居然在很长一段时间内都没有更换。而在马关和谈期间，李鸿章每日与总理衙门的密电往来，是由日本电报局全面提供服务。这样一来，清政府在甲午战争前后，尤其是李鸿章在日本谈判期间的几乎所有电报，都被日本人破解。换言之，清朝的战略意图、中日谈判的底线，都被日本人掌握得一清二楚。
　　一次海军出访，就这样改变了中日两国的命运。