自2013年9月29日以来,经过两年多的创新试验,我国自由贸易试验区建设进入新的阶段。站在新的起点上,有必要反思历程、分析形势、认清问题、谋划再创新,从而进一步适应发展变化的新形势,继续进行深入的改革创新实践,率先挖掘改革潜力、破解制度性难题,继续保持在全国的先发优势、实现最初的改革目标。本文简要回顾了两年多以来上海自贸试验区海关改革的主要阶段性成果,对当前"深水区"改革所面临的改革困难瓶颈和外贸新形势进行了分析;并引入"国家创新系统"理论及国外实践经验,分析了自贸试验区海关改革不足之根源,提出对海关走出"深水区"改革困境的借鉴与启示。在此基础上,提出了"一个要义、两大保障、三个维度、四个转变和五项重点"的下一步深化自贸试验区海关改革总体框架,并对改革框架和下一步制度创新的五方面内容进行了理性剖析和详细阐释,为海关深入推进上海自贸试验区建设提出了有借鉴转化意义的理论思考和实践路径。