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期刊论文
RNA二级结构预测算法的设计与实现
RNA二级结构预测算法的设计与实现
来源 :计算机工程与科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:vpnyoyo
【摘 要】
:
本文提出了一个预测RNA二级结构的计算模型和动态规划算法.该算法采用子序列的组合策略和RNA二级结构的内在特性,计算多个平面伪结点和一个非平面伪结点结构.与Rivas算法相比
【作 者】
:
李恒武
朱大铭
纪秀花
【机 构】
:
山东大学计算机学院,东经济学院计算机学院,山东大学计算机学院,山东经济学院计算机学院
【出 处】
:
计算机工程与科学
【发表日期】
:
2006年7期
【关键词】
:
RNA二级结构
动态规划
热动力学
RNA secondary structure
dynamic programming
thermodynamics
【基金项目】
:
国家自然科学基金资助项目(60273032)
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本文提出了一个预测RNA二级结构的计算模型和动态规划算法.该算法采用子序列的组合策略和RNA二级结构的内在特性,计算多个平面伪结点和一个非平面伪结点结构.与Rivas算法相比,该算法减少了2n4的空间,并将时间复杂度由O(n6)降为O(n5).实验结果验证了算法的有效性.
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