目的建立手足口病的实时荧光RT-PCR检测技术平台,开展手足口病病原学检测工作,为手足口病防控提供实验依据。方法用实时荧光RT-PCR法检测河池市2010—2011年手足口病EV、EV71和CA16病毒核酸。结果共检测578例手足口病临床诊断病例样本,421例EV阳性,阳性率为72.84%;其中EV71阳性109例(25.89%),CA16阳性198例(47.03%),其他肠道病毒阳性114例(27.08%);6岁以下儿童EV阳性占所有感染者的99.05%;2010和2011年儿童EV71、CA16、其他肠道病毒阳性率分别为47.86%、10.00%、18.57%和9.59%、42.01%、20.09%;重症病例EV71阳性率为65.38%。结论实时荧光RT-PCR法,适合于手足口病快速确诊及常规监测,特别是重症病例诊断的重要依据。该市不同年度手足口病感染型别有差异,2010年的主要病原体为EV71,其次是其他肠道病毒;而2011年的主要病原体为CA16,其次其他肠道病毒。6岁以下儿童是EV感染的高危人群;EV71是引起重症病例的主要病原体。