【目的】研究我国南方四个省份6个烟粉虱Bemisia tabaci种群和2个蚜小蜂种群内共生菌Cardinium的感染率及其系统发育关系。【方法】利用PCR技术与DNA测序技术检测来自广州、肇庆、南宁、昆明、厦门烟粉虱种群以及广州2个蚜小蜂种群内Cardinium的感染情况,通过基于mt COⅠDNA序列和16S r RNA序列建立烟粉虱和Cardinium系统进化树,分析烟粉虱、寄生蜂和共生菌Cardinium的协同进化关系。【结果】广州的Asia II1与Asia II7烟粉虱种群、肇庆与南宁的MEAM1烟粉虱种群、昆明与厦门的Mediterranean烟粉虱种群以及广州的丽蚜小蜂Encarsia formosa、双斑蚜小蜂Encarsia bimaculata种群体内都有Cardinium的感染,且以Mediterranean与土著的Asia II1、Asia II7感染率较高(65.2%~92.5%),寄生蜂体内的感染率较低(16.7%~18.6%)。通过进化树对比分析发现,Cardinium与烟粉虱寄主之间无协同进化现象,但是Cardinium在烟粉虱不同地理种群之间,烟粉虱与寄生蜂之间的同源性超过98%。【结论】Cardinium在两种寄主昆虫之间进行相互感染与传播的概率较大,寄生蜂可能是Cardinium在不同烟粉虱种群之间水平传播的桥梁之一。