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在自体移植和同种移植中，把免疫反应降低到最低程度相对容易，但移植后的OVH反应可能相当严重，需要运用化疗及全身放疗进行预防性治疗。为急性白血病，霍奇金病，骨髓瘤及骨髓发育不全等疾病的骨髓移植成功创造条件。（注：GHV反应：抗客体移植反应。尽管HLA系统相同，但供体的T淋巴细胞也可能对受体的器官、组织产生细胞毒素反应，潜在的免疫反应可能使25％的患者骨髓移植失败）。