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进入新世纪以后,由于科学整体化的快速推进,自然辩证法学科正在遇到越来越严重的挑战。在这种形势下,学科建设中的一些历史积淀问题重新凸显,同时还产生了一些新的重大问题。这些问题包括:学科归属问题(学科性质问题、学科名称问题、学科定位问题)、实践中的几个重要问题(与科学技术史研究的相关问题、科学哲学和技术哲学的主攻方向问题、文风问题)、与相邻学科的关系问题(与马克思主义哲学原理和哲学其他分支、与经济学、与社会学的关系问题)。自然辩证法学科要在新世纪得到进一步发展,必须对这些问题做一个比较彻底的厘清。