为了从分子水平揭示闽楠野生种群的遗传多样性水平,本研究利用ISSR分子标记对5个闽楠野生种群(福建南平,江西赣州,广西富川,广西资源和重庆江津)共96个样本的遗传多样性和种群遗传结构进行了分析。多态性分析结果表明,10个多态引物共检测到175个位点,其中多态位点142个,多态性比率为81.14%;遗传多样性指数分析显示,闽楠种群的有效等位基因数Ne=1.440 9,Nei’S基因多样度h=0.2574,Shannon’S多样性指数I=0.3885,说明闽楠在基因水平上的遗传多样性较高。总种群基因多样度Ht为0.256 2,种群间的基因多样度Dst为0.136 8,种群内的基因多样度Hs为0.119 4,基因分化系数为Gst为0.533 9,种群间产生遗传分化较种群内的强烈。聚类分析结果表明,在相似系数为0.68时,重庆江津闽楠单独形成一个分支,其余4个种群形成另作一分支;当相似系数在0.71时,这5个种群96个闽楠样本可分为三类。当相似系数为0.74时,5个种群96个闽楠样本可分为5类,当相似系数越高时,闽楠树种分类越多。本研究结果将对闽楠种质资源的开发、保护以及林业应用具有重要意义,也为今后制定闽楠基因资源的保护策略及相关保护措施提出了理论分析。