【摘 要】
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目的 通过对广东湛江地区啮齿动物携带的版纳病毒进行系统发育分析,揭示版纳病毒这一人兽共患病原体的序列特征和遗传进化关系.方法 采用笼捕法捕捉啮齿动物,分别采集其肺脏
【机 构】
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中山大学公共卫生学院,广东广州510080
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目的 通过对广东湛江地区啮齿动物携带的版纳病毒进行系统发育分析,揭示版纳病毒这一人兽共患病原体的序列特征和遗传进化关系.方法 采用笼捕法捕捉啮齿动物,分别采集其肺脏、肝脏、脾脏和肠内容物,使用宏病毒组技术富集病毒颗粒建库测序,比对美国国立生物技术信息中心(NCBI)病毒数据库将注释所得版纳病毒重叠群(contigs)使用生物信息软件分析其与参考毒株基因组序列的覆盖率和相似度,并绘制特定目的片段的系统发育树.结果 在板齿鼠、褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠、鼩鼱的肝脏、肺脏、脾脏、肠内容物样本中均注释到了大量版纳病毒序列(Reads),拼接所得的版纳病毒湛江株覆盖95.6％～100.0％的参考株(NC004211)基因组序列,与参考基因组序列相似性为90.4％～98.3％,基本确认拼接序列为版纳病毒的全长序列.版纳病毒湛江株VP1-VP12等12个基因片段与我国云南地区发现SC043株、YN12243株以较高置信值聚集成簇,亲缘关系较近.结论 版纳病毒在湛江地区野生小型兽类哺乳动物(啮齿动物、鼩鼱)中普遍携带,对类似虫媒病毒性脑炎症状患者要进行鉴别诊断,防范新发传染病.
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