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学术界一般认为，明代磨勘司系司法机构，曾为大理寺前身，因为清朝官修《明史》就持这一观点，但实际上并非如此。磨勘司虽然有时也参与司法活动，但更多的是作为皇帝的秘书机构和核查机构而存在，是明太祖朱元璋为加强朝政控制、巩固皇权所采取的一项措施。该机构被取消后，其部分职能被赋予给监察御史，所以其与大理寺机构并无多大瓜葛。