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上海市动物疫病预防控制中心作为农业部利用世界银行贷款项目重点建设的9个省级动物疫控中心之一，也是《全国动物防疫体系建设规划（2004—2008）》中重点建设的6个区域参考实验室之一，分别于2002年7月和2006年12月获得了CMA认证和CNAS认可，并于2010年首批通过农业部兽医实验室考核，在兽医实验室管理体系建设和检测技术能力提升方面积累了较为丰富的经验。