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提高区域技术创新效率是区域自主创新能力建设的重要内容，也是提升区域竞争力的关键因素。在传统DEA模型的基础上，提出具有权重偏好结构的DEA模型，对2011年江苏省13个地市的技术创新效率进行评价研究。结果表明，偏好DEA模型对决策单元的评价区分度明显好于传统DEA模型。江苏省苏中地区的技术效率平均值最高，苏南其次，苏北最低；江苏省技术创新在规模效率上有较大不足，部分地市技术创新投入的利用效率较低，有待进一步改进。