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自自交-杂交体系建立以来就观察到玉米自交系间的变异性。Jones在5个自交系中发现了几个退化的单基因变化,这几个自交系在与其各自的野生型杂交后皆表现出很大的杂种优势,但是突变系并不降低自交系与无亲缘关系的品系杂交后的杂交种的产量。Traey根据前人的研究和自己的试验得出结论认为,观察到的大多数变化涉及到几个基因,这种变化随基因型不同而程度不同,引起这种变化的原因尚不清楚。