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21世纪以来，转基因生物的商业化与全球化涉及食品安全、生态安全和经济社会安全等多层安全问题，引致诸如贸易壁垒、文化伦理、社会认同等多方面纷争，我国转基因生物科技政府管制面临多重挑战。从公共选择理论看，政府管制的公共选择主体复杂、话语机制不够健全、博弈规则较为混乱，导致转基因生物管制政策经常陷入模糊与矛盾的情景中。在全球治理的语境中，构建有效的转基因生物信息交流机制和风险交流机制，强化各主体之间的关系以协调多元利益，提高国家对新兴科技创新的风险治理能力和国家自主性成为我国农业转基因生物政府管制中的重要议题。