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日本琦玉医科大学日高国际医疗中心由心脏病中心、急救中心和综合肿瘤中心这3个COE（Center Of Excellence）组合构成。从整体结构来说，每一个COE都设有从门诊到住院一整套相对独立的部门，同时COE与COE之间又保持着密不可分的关系。医疗中心设有23个护理单元共计600张床位，患者数与护士数的比例是5：1。