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林枫被林彪、江青反革命集团迫害打击，很重要的原因就是同刘少奇的关系。如康生说：“林枫最重要的是刘少奇的问题。林枫是刘少奇的秘书，是最亲近的人”，“反对林枫的斗争是同反对刘少奇的斗争分不开的”。所说“林枫是刘少奇的秘书”，主要是指在1936年5月林枫担任北方局书记刘少奇的秘书的那个时期。从这个历史阶段的综合情况看，林枫同刘少奇的关系，是艰苦革命斗争中的工作关系，并没有什么特殊的个人关系。
协助刘少奇纠正“左”倾错误 ，排除右倾干扰
1935年12月，北平爆发一二九学生运动。林枫听到这一消息，马上从宣化赶回北平，与党组织接上关系。中共河北省委决定重建北平市委，派林枫担任市委书记。林枫到职以后，集中主要精力领导北平学生的爱国运动。
一二九运动刚刚过去5天，林枫从报上看到“冀察政务委员会”定于12月16日成立，于是决定在16日举行规模更大的游行示威，反对“冀察政务委员会”的成立。16日上午11时许，参加游行的各路队伍冲破层层封锁，到达预定的集合地点天桥，召开了群众大会。会后，与会群众由南向北，沿正阳门大街举行示威游行。北平当局如临大敌，派出警察、大刀队、侦缉队砍杀学生。游行队伍勇敢地冲击拼搏，有许多学生受伤。这次示威震撼了北平全城。
在国民党政府进行残酷镇压的情况下，林枫组织北平、天津学生组成4个平津学生南下扩大宣传团，于1936年1月3日，沿平汉路南下，进行了抗日宣传，帮助农民成立了各种抗日救国组织，在农村播下抗日种子。
根据形势的需要，林枫向中共河北省委提出建议：把在一二九运动中已经引起反动当局注意的同志转移到天津等地工作，以免遭受迫害。河北省委接受了这一建议。1936年3月，林枫被调任中共天津市委书记。3月底，刘少奇受中共中央的指派来到天津，主持北方局的工作。5月，林枫担任刘少奇的秘书，全力协助刘少奇扭转华北局面，使一二九运动继续深入发展。
在刘少奇和林枫所在的北方局领导下，克服了“左”的关门主义倾向，把广大的学生团结到抗日救国运动的行列中来，为开展抗日救国运动奠定了比较雄厚的群众基础，并且发展了同各阶层爱国人士的统战关系，扩大了抗日民族统一战线，党的影响和左派力量随之迅速增长。
西安事变爆发后，平津一带人心沸腾，要求“杀蒋”的呼声很高。林枫及时收集党内外的反应，向刘少奇汇报说：现在靠近我们的教授们都说话了，他们认为西安事变已几天了，北方党一句话不说，不表态，这是不对的。我们一些老的共产党员，对这一点也有意见。大家认为蒋介石打了十年内战，屠杀那么多共产党员，这次把蒋介石抓住了，如果不杀掉，实在不解恨。刘少奇冷静而耐心地听完汇报，郑重地说：现在，我们还是什么也不能说，我们还是等党中央的电报指示，因为中央知道全局。如果我们说了，和中央意见不一致，必然造成思想、舆论上的混乱，到那时候，按中央的指示办，我们就要纠偏了。与其乱了再纠偏，莫如现在沉默。待中央指示来了，我们照中央的指示办，这样更稳当。
不久，中共中央来电指示，西安事变要和平解决。林枫收集了各方面反应，又向刘少奇汇报：人们的看法很不一致，有同意的，也有人不相信，有些教授和党员都有不满的情绪。
刘少奇听后说：这是可以理解的，各方面人士不了解我们党中央的意图，要求杀蒋是很自然的。张学良实行“兵谏”，是要逼迫蒋介石抗日，国民党内部亲日派何应钦，倒是想借此把蒋介石置于死地。现在主要的敌人是日本帝国主义和汉奸卖国贼，我们要争取建立广泛的抗日民族统一战线。因此，要有条件地释放蒋介石，逼蒋抗日，和平解决西安事变对党和全国人民有利。按照这些意见，林枫和平津的同志去说服各方人士，使他们理解了中共的方针，拥护中共的主张，更加紧密地团结在中共的周围。
在刘少奇的领导下，组织两次大示威
1936年，日军将天津驻屯军改为华北驻屯军。从4月13日起至6月22日止，日军增兵8次，由2203人增至10043人，华北形势发生急剧变化。日本的武装力量已构成对冀察当局的威胁。刘少奇提出组织平津学生举行一次游行示威，以打击日本帝国主义的侵略气焰。5月中旬，中共天津市委在西郊陵园召集会议。林枫前往参加，在会上分析了斗争的形势后指出：“反对日本增兵华北”的政治口号，会得到广大群众的拥护，甚至地方军警在群众抗日情绪的影响下也会表示同情与支持。他向市委传达了刘少奇的意见：在游行队伍中要呼“欢迎二十九军将士参加抗日”“拥护宋哲元将军抗战”的口号。会后，中共天津市委马上把会议精神传达到各学校党组织和各界救国会，做了深入的动员和周密的准备。
5月28日，天津各校学生和各界人士组成游行大军，高举着“反对日本增兵华北”的大旗，到日本华北驻屯军司令部示威。游行队伍出发时只有几千人，沿途工人、市民和农民踊跃参加，迅速增至1万多人。这次抗日示威游行不仅得到社会各阶层的广泛支持，而且也撼动了宋哲元。日本华北驻屯军司令部要求宋哲元镇压学生运动，宋哲元拒绝了日本的无理要求，并公开发表谈话说：“津市学生游行事件，日方表示颇为严重，实则学生尚无轨外行动，不便取缔。”他还公开表示：“若日本仍增兵占领华北，余将与二十九军实行抗日。”
林枫根据刘少奇的建议，帮助中共天津市委及时地总结了这次游行示威的成功经验。林枫还前往北平，把这次示威执行抗日民族统一战线政策的具体做法和收到的良好效果，传达给中共北平市委。北平市委组织北平学生于6月1日舉行总罢课，6月13日举行抗日救国大示威，还组织学生向二十九军官兵进行爱国宣传，争取他们抗日，使他们不阻挠、不破坏学生的抗日活动。这次抗日大示威对宋哲元也是一个强大的压力。在6月至9月间，由于日本驻屯军挑衅，在丰台等地引起的几次冲突中，二十九军驻军表现极为英勇，对挑衅进攻的日军奋起反击，毫不畏怯。
这两次示威游行活动的影响迅速遍及全国，上海、广州、南京等地学生和各界人士纷起响应，使学生运动在反动派的白色恐怖下，由低潮又转向一个新的高潮。 按照刘少奇的指示，对阎锡山进行统战工作
1937年2月，刘少奇、彭真、林枫等根据形势的发展，认为北平是政治、文化的中心，便于和全国各地取得联系，将白区党在北方的政治活动中心转移到北平，更有利于抗日工作的开展，遂决定将中央北方局迁至北平。林枫为保证党的领导机关和领导人的安全，十分慎重地选择了房前利于掩护、房后便于转移的鲍家街17号为刘少奇居住和办公地址。17号尚未安排妥帖以前（如具保、观察等），刘少奇则暂住在砖塔胡同四眼井林枫家里。
3月，刘少奇和彭真等离开北平，前往延安参加党的苏区代表会议和党的白区代表会议。林枫留守北平主持工作。刘少奇等会后返回北平途经太原检查工作。不久，七七事变爆发，刘少奇等留住太原。7月28日北平沦陷后，林枫接到通知，说北方局已在太原办公，要他迅速前往太原，并动员平津的党员、抗日的青年学生和各界爱国人士前去，重新安排工作。8月7日，林枫带领有关同志离开北平，从天津乘太古洋行客船由塘沽到烟台，改乘火车，几经周折，于8月下旬抵达太原。
8月底，林枫被北方局任命为山西省工委副书记（书记是张友清）。林枫一面熟悉当地情况，根据中共中央和刘少奇的指示，一面制订对阎锡山进行统战工作的策略方针；一面积极部署工作，把着重点放在建立党的组织和发动群众参加抗日战争的活动上。经过努力，山西各地陆续建立了工人、农民、青年、妇女的抗日救亡组织，在太原成立了工人武装自卫队（其后发展成为新军工卫旅），并确立了中国共产党对山西牺牲救国同盟会的领导权。通过牺盟会的合法形式，进行了大量的推动抗日的工作，使山西的群众斗争和中共组织在许多地方获得了发展。
这个时期，林枫牢记刘少奇的指示精神，把建立抗日武装，进行战争动员，开展敌后游击战争，作为各级党组织的首要任务。在省委军事部领导和八路军主力部队的帮助下，各县都组织了游击队，先后补充了八路军的兵力，省委军事部直辖的就有5个游击大队。各级党委还以各牺盟中心区和各县牺盟特派员办事处的名义进行活动，开展抗日武装斗争。在发展新军方面，在晋南建立了二一二旅、二一三旅，在晋西除山西青年抗敌决死队第二纵队迅速发展壮大外，还建立了政治保卫队（政卫旅）、保安旅。1937年底，林枫曾到赵城检查决死二纵队的工作，听取党组织的汇报并给予指示，根据新军的要求，省委曾选派八路军军政干部前去工作，发展党的组织。后来，经省委研究决定动员各县游击大队的青年补充新军，既壮大了新军中的抗日进步力量，又减轻了地方财政负担。这些部队名义上是阎锡山的建制，由阎出枪出钱，实际上是由中共控制的抗日武装。后来的事实证明，林枫这种原则性与灵活性相结合的斗争方法在与阎锡山的合作共事中取得了很大的胜利。
康生叫嚣“反对林枫的斗争是同反对刘少奇的斗争分不开的”
“文革”伊始，时任中共中央党校校长和党委书记的林枫就被林彪、江青反革命集团扣上“叛徒”“特务”“三反分子”的帽子，列为批斗对象“揪”了出来。
在这场来势凶猛的逆流冲击下，林枫与刘少奇的这种革命关系被颠倒，成了残酷打击迫害的“罪证”。但林枫始终坚持党的原则，保持革命者的气节。1966年12月18日，在北京工人体育馆的万人批斗大会上，在一群彪形大汉挟持下，强迫林枫“坐土飞机”，伴之以劈头盖脸的拳打脚踢，林枫肋骨被打断三根，前胸后背严重挫伤、左肘关节脱位，内外髁骨撕脱骨折、内脏出血……還被暴徒们残忍地强迫“游场”“示众”。当时一起被批斗的一位女同志回到家里对儿子痛心地说：林枫“这老头儿恐怕活不成了”。但是，林枫硬是挺住活下来了！
迫害林枫的活动，是由林彪、江青反革命集团主犯康生直接策划的。1966年12月，康生指使党校造反派头头，“用群众的名义，给中央写个东西，要求他（指林枫）停职反省”。接着，康生就拿着这个盗用群众名义写的要林枫“停职反省”的报告，向中央提议撤掉林枫中央党校校长的职务，并下令对林枫进行专案审查。
林彪、江青反革命集团长期诬陷迫害林枫，主要罗织了三条罪名：一是制造所谓“东北问题”，诬陷林枫“反林总”；二是编造谎言，诬害林枫“参与刘少奇勾结国民党的阴谋活动”；三是诬陷林枫“伪造历史，混入党内”，是“假共产党、真国民党”。
在“审查”林枫的过程中，康生一再强调，林枫是刘少奇的秘书，是和刘少奇最亲近的人。反对林枫的斗争，是同反对刘少奇的斗争分不开的。“中央八个专案，每个专案都要从刘（少奇）这个总头子来抓问题。”在康生直接策划下，“专案组”一直对林枫栽赃陷害、搞逼供信，都是为了打倒刘少奇。
但是，不论林彪、江青、康生一伙怎样迫害、催逼，林枫始终坚持原则，严词拒绝对方的一切造谣诬陷，绝口不谈任何不符合实际的话。
林枫自从1966年被“群众监督”，就不能同家中的任何人见面。1968年3月被关进秦城监狱后，家里人就连他的去向也无法探知。经过子女多次要求，直到1972年8月，才允许他们前去探视。当林枫步履蹒跚地走进探视室时，6个子女都辨认不出自己的父亲了。他的形象变了，瘦削衰惫，眼睛发灰，腰和腿都直不起来，完全失去了原来的风采。
林枫的形象变了，他的铁骨丹心却丝毫没有改变。当子女们确认出他，依偎在他身边的时候，他极为激动地打着手势说：“毛主席有一句话是‘人总是要有一点精神的’，这些年我就是靠这点精神过来的。我给自己取了个名字叫林树乐。人家有‘八段锦’，我给自己编了‘三段锦’，每天坚持做。”
毛泽东亲笔批示：“放他出来治病”
林彪、江青、康生一伙一直用“反林彪”的罪名在林枫身上做文章。但林彪叛国毙命的消息，江青一伙却严密封锁，根本不让他知道。直到事情过了一年以后，子女们前来狱中探视的时候，才冲破“专案组”的封锁，把这个大喜讯带给他。他们商定把消息写在一个人的手臂上，偷偷地给父亲“报信”。因为事先不知道谁会坐在父亲的那一边，四女儿京京就把“林彪叛国已死”几个大字写在双臂内侧，炎热的八月天，穿上长袖衣来遮盖。6个子女在探视室里把林枫围起来，让京京紧挨着他。京京伸出手臂给林枫看时，二女儿双双故意把她不满周岁的女孩拧哭，以作掩护。他们的计划成功了：林枫端着京京的手臂看了又看，放下、又端起来…… 性格内向的林枫，得知林彪“折戟沉沙”的信息后，却再也遏制不住内心的激动。这天回到牢房，他一直默默地坐在铺板上面沉思，根本忘记吃午饭，直到下午四五点钟才被喊“醒”。
儿女们从秦城探监回来，感到父亲病情严重，生命垂危，心情都很沉重。他们马上写了一封信给毛泽东和周恩来，反映父亲在狱中饱受折磨，请求及早抢救。毛泽东看到这封信，立即亲笔批示：“放他出来治病。”这样，生命垂危的林枫方得以出狱，住进北京阜外医院治病。这时候，林彪反革命集团虽已灭亡，康生、江青一伙对他还是不肯放过。尽管有了毛泽东的批示，林枫住进医院的头4个月仍然被“监护”着，禁止走出房门，只许和子女们接触。
12月间，子女们又给毛泽东写信，他才获得了自由。但江青一伙却一直不给他作结论，不给他恢复党籍，生活上也无人过问。拖到1975年5月21日，原中央专案审查小组第一办公室所作《关于林枫同志问题的审查结论》中，還诬说林枫“伪造历史，混入党内”。
面对着当时极为复杂、严重的形势，林枫感到自己可能活不到彻底平反的那一天。他曾严肃地对子女们说：“和正面的敌人作斗争，在战场上会有牺牲；和革命队伍内部隐藏的敌人作斗争，也会有牺牲。干革命，对各种牺牲都要有精神准备。”
1976年9月，由于地震之后波动的生活，他的病情愈加沉重，步履维艰，有时竟会因为喝一口水而呛得喘不上气来。可是在毛泽东追悼会举行那一天，他在那小小的病房里，请夫人郭明秋搀扶着，面向天安门的方向静默、三鞠躬，表示深沉的悼念。
林枫出狱后的5年，始终是在阜外医院度过的。尽管他是一个“没有恢复党籍的人”，还一直躺在病床上，但他对党和国家的命运忧心如焚，没有一天不考虑国家大事，甚至常常寝不成眠。
1975年，邓小平主持中央工作，有些回到工作岗位上的干部，前来医院看望林枫。林枫总是忍着病痛，非常兴奋地同他们促膝长谈，给予热情的鼓励，寄予殷切的希望：“小平同志是要斗争的，你们要支持他工作，他缺帮手啊！”
转过年来，所谓反击“右倾翻案风”的风波使他愤慨，周恩来的逝世引起他莫大的悲痛。
1976年10月6日，中共中央一举粉碎了“四人帮”。尽管阜外医院里有一些正直善良的医生、护士和工人们，尽了最大的努力，对林枫精心治疗和护理，但是他们无法治愈林彪、江青反革命集团残酷迫害对他所造成的致命创伤。
1977年9月29日，林枫的心脏停止了跳动。十一届三中全会以后，中共中央对于林彪、江青反革命集团横加给林枫的罪名统统推翻，彻底予以平反。蒙冤数十载的林枫终以其一身浩然正气，一生光明磊落，赢来了历史公正的结论。
协助刘少奇纠正“左”倾错误 ，排除右倾干扰
1935年12月，北平爆发一二九学生运动。林枫听到这一消息，马上从宣化赶回北平，与党组织接上关系。中共河北省委决定重建北平市委，派林枫担任市委书记。林枫到职以后，集中主要精力领导北平学生的爱国运动。
一二九运动刚刚过去5天，林枫从报上看到“冀察政务委员会”定于12月16日成立，于是决定在16日举行规模更大的游行示威，反对“冀察政务委员会”的成立。16日上午11时许，参加游行的各路队伍冲破层层封锁，到达预定的集合地点天桥，召开了群众大会。会后，与会群众由南向北，沿正阳门大街举行示威游行。北平当局如临大敌，派出警察、大刀队、侦缉队砍杀学生。游行队伍勇敢地冲击拼搏，有许多学生受伤。这次示威震撼了北平全城。
在国民党政府进行残酷镇压的情况下，林枫组织北平、天津学生组成4个平津学生南下扩大宣传团，于1936年1月3日，沿平汉路南下，进行了抗日宣传，帮助农民成立了各种抗日救国组织，在农村播下抗日种子。
根据形势的需要，林枫向中共河北省委提出建议：把在一二九运动中已经引起反动当局注意的同志转移到天津等地工作，以免遭受迫害。河北省委接受了这一建议。1936年3月，林枫被调任中共天津市委书记。3月底，刘少奇受中共中央的指派来到天津，主持北方局的工作。5月，林枫担任刘少奇的秘书，全力协助刘少奇扭转华北局面，使一二九运动继续深入发展。
在刘少奇和林枫所在的北方局领导下，克服了“左”的关门主义倾向，把广大的学生团结到抗日救国运动的行列中来，为开展抗日救国运动奠定了比较雄厚的群众基础，并且发展了同各阶层爱国人士的统战关系，扩大了抗日民族统一战线，党的影响和左派力量随之迅速增长。
西安事变爆发后，平津一带人心沸腾，要求“杀蒋”的呼声很高。林枫及时收集党内外的反应，向刘少奇汇报说：现在靠近我们的教授们都说话了，他们认为西安事变已几天了，北方党一句话不说，不表态，这是不对的。我们一些老的共产党员，对这一点也有意见。大家认为蒋介石打了十年内战，屠杀那么多共产党员，这次把蒋介石抓住了，如果不杀掉，实在不解恨。刘少奇冷静而耐心地听完汇报，郑重地说：现在，我们还是什么也不能说，我们还是等党中央的电报指示，因为中央知道全局。如果我们说了，和中央意见不一致，必然造成思想、舆论上的混乱，到那时候，按中央的指示办，我们就要纠偏了。与其乱了再纠偏，莫如现在沉默。待中央指示来了，我们照中央的指示办，这样更稳当。
不久，中共中央来电指示，西安事变要和平解决。林枫收集了各方面反应，又向刘少奇汇报：人们的看法很不一致，有同意的，也有人不相信，有些教授和党员都有不满的情绪。
刘少奇听后说：这是可以理解的，各方面人士不了解我们党中央的意图，要求杀蒋是很自然的。张学良实行“兵谏”，是要逼迫蒋介石抗日，国民党内部亲日派何应钦，倒是想借此把蒋介石置于死地。现在主要的敌人是日本帝国主义和汉奸卖国贼，我们要争取建立广泛的抗日民族统一战线。因此，要有条件地释放蒋介石，逼蒋抗日，和平解决西安事变对党和全国人民有利。按照这些意见，林枫和平津的同志去说服各方人士，使他们理解了中共的方针，拥护中共的主张，更加紧密地团结在中共的周围。
在刘少奇的领导下，组织两次大示威
1936年，日军将天津驻屯军改为华北驻屯军。从4月13日起至6月22日止，日军增兵8次，由2203人增至10043人，华北形势发生急剧变化。日本的武装力量已构成对冀察当局的威胁。刘少奇提出组织平津学生举行一次游行示威，以打击日本帝国主义的侵略气焰。5月中旬，中共天津市委在西郊陵园召集会议。林枫前往参加，在会上分析了斗争的形势后指出：“反对日本增兵华北”的政治口号，会得到广大群众的拥护，甚至地方军警在群众抗日情绪的影响下也会表示同情与支持。他向市委传达了刘少奇的意见：在游行队伍中要呼“欢迎二十九军将士参加抗日”“拥护宋哲元将军抗战”的口号。会后，中共天津市委马上把会议精神传达到各学校党组织和各界救国会，做了深入的动员和周密的准备。
5月28日，天津各校学生和各界人士组成游行大军，高举着“反对日本增兵华北”的大旗，到日本华北驻屯军司令部示威。游行队伍出发时只有几千人，沿途工人、市民和农民踊跃参加，迅速增至1万多人。这次抗日示威游行不仅得到社会各阶层的广泛支持，而且也撼动了宋哲元。日本华北驻屯军司令部要求宋哲元镇压学生运动，宋哲元拒绝了日本的无理要求，并公开发表谈话说：“津市学生游行事件，日方表示颇为严重，实则学生尚无轨外行动，不便取缔。”他还公开表示：“若日本仍增兵占领华北，余将与二十九军实行抗日。”
林枫根据刘少奇的建议，帮助中共天津市委及时地总结了这次游行示威的成功经验。林枫还前往北平，把这次示威执行抗日民族统一战线政策的具体做法和收到的良好效果，传达给中共北平市委。北平市委组织北平学生于6月1日舉行总罢课，6月13日举行抗日救国大示威，还组织学生向二十九军官兵进行爱国宣传，争取他们抗日，使他们不阻挠、不破坏学生的抗日活动。这次抗日大示威对宋哲元也是一个强大的压力。在6月至9月间，由于日本驻屯军挑衅，在丰台等地引起的几次冲突中，二十九军驻军表现极为英勇，对挑衅进攻的日军奋起反击，毫不畏怯。
这两次示威游行活动的影响迅速遍及全国，上海、广州、南京等地学生和各界人士纷起响应，使学生运动在反动派的白色恐怖下，由低潮又转向一个新的高潮。 按照刘少奇的指示，对阎锡山进行统战工作
1937年2月，刘少奇、彭真、林枫等根据形势的发展，认为北平是政治、文化的中心，便于和全国各地取得联系，将白区党在北方的政治活动中心转移到北平，更有利于抗日工作的开展，遂决定将中央北方局迁至北平。林枫为保证党的领导机关和领导人的安全，十分慎重地选择了房前利于掩护、房后便于转移的鲍家街17号为刘少奇居住和办公地址。17号尚未安排妥帖以前（如具保、观察等），刘少奇则暂住在砖塔胡同四眼井林枫家里。
3月，刘少奇和彭真等离开北平，前往延安参加党的苏区代表会议和党的白区代表会议。林枫留守北平主持工作。刘少奇等会后返回北平途经太原检查工作。不久，七七事变爆发，刘少奇等留住太原。7月28日北平沦陷后，林枫接到通知，说北方局已在太原办公，要他迅速前往太原，并动员平津的党员、抗日的青年学生和各界爱国人士前去，重新安排工作。8月7日，林枫带领有关同志离开北平，从天津乘太古洋行客船由塘沽到烟台，改乘火车，几经周折，于8月下旬抵达太原。
8月底，林枫被北方局任命为山西省工委副书记（书记是张友清）。林枫一面熟悉当地情况，根据中共中央和刘少奇的指示，一面制订对阎锡山进行统战工作的策略方针；一面积极部署工作，把着重点放在建立党的组织和发动群众参加抗日战争的活动上。经过努力，山西各地陆续建立了工人、农民、青年、妇女的抗日救亡组织，在太原成立了工人武装自卫队（其后发展成为新军工卫旅），并确立了中国共产党对山西牺牲救国同盟会的领导权。通过牺盟会的合法形式，进行了大量的推动抗日的工作，使山西的群众斗争和中共组织在许多地方获得了发展。
这个时期，林枫牢记刘少奇的指示精神，把建立抗日武装，进行战争动员，开展敌后游击战争，作为各级党组织的首要任务。在省委军事部领导和八路军主力部队的帮助下，各县都组织了游击队，先后补充了八路军的兵力，省委军事部直辖的就有5个游击大队。各级党委还以各牺盟中心区和各县牺盟特派员办事处的名义进行活动，开展抗日武装斗争。在发展新军方面，在晋南建立了二一二旅、二一三旅，在晋西除山西青年抗敌决死队第二纵队迅速发展壮大外，还建立了政治保卫队（政卫旅）、保安旅。1937年底，林枫曾到赵城检查决死二纵队的工作，听取党组织的汇报并给予指示，根据新军的要求，省委曾选派八路军军政干部前去工作，发展党的组织。后来，经省委研究决定动员各县游击大队的青年补充新军，既壮大了新军中的抗日进步力量，又减轻了地方财政负担。这些部队名义上是阎锡山的建制，由阎出枪出钱，实际上是由中共控制的抗日武装。后来的事实证明，林枫这种原则性与灵活性相结合的斗争方法在与阎锡山的合作共事中取得了很大的胜利。
康生叫嚣“反对林枫的斗争是同反对刘少奇的斗争分不开的”
“文革”伊始，时任中共中央党校校长和党委书记的林枫就被林彪、江青反革命集团扣上“叛徒”“特务”“三反分子”的帽子，列为批斗对象“揪”了出来。
在这场来势凶猛的逆流冲击下，林枫与刘少奇的这种革命关系被颠倒，成了残酷打击迫害的“罪证”。但林枫始终坚持党的原则，保持革命者的气节。1966年12月18日，在北京工人体育馆的万人批斗大会上，在一群彪形大汉挟持下，强迫林枫“坐土飞机”，伴之以劈头盖脸的拳打脚踢，林枫肋骨被打断三根，前胸后背严重挫伤、左肘关节脱位，内外髁骨撕脱骨折、内脏出血……還被暴徒们残忍地强迫“游场”“示众”。当时一起被批斗的一位女同志回到家里对儿子痛心地说：林枫“这老头儿恐怕活不成了”。但是，林枫硬是挺住活下来了！
迫害林枫的活动，是由林彪、江青反革命集团主犯康生直接策划的。1966年12月，康生指使党校造反派头头，“用群众的名义，给中央写个东西，要求他（指林枫）停职反省”。接着，康生就拿着这个盗用群众名义写的要林枫“停职反省”的报告，向中央提议撤掉林枫中央党校校长的职务，并下令对林枫进行专案审查。
林彪、江青反革命集团长期诬陷迫害林枫，主要罗织了三条罪名：一是制造所谓“东北问题”，诬陷林枫“反林总”；二是编造谎言，诬害林枫“参与刘少奇勾结国民党的阴谋活动”；三是诬陷林枫“伪造历史，混入党内”，是“假共产党、真国民党”。
在“审查”林枫的过程中，康生一再强调，林枫是刘少奇的秘书，是和刘少奇最亲近的人。反对林枫的斗争，是同反对刘少奇的斗争分不开的。“中央八个专案，每个专案都要从刘（少奇）这个总头子来抓问题。”在康生直接策划下，“专案组”一直对林枫栽赃陷害、搞逼供信，都是为了打倒刘少奇。
但是，不论林彪、江青、康生一伙怎样迫害、催逼，林枫始终坚持原则，严词拒绝对方的一切造谣诬陷，绝口不谈任何不符合实际的话。
林枫自从1966年被“群众监督”，就不能同家中的任何人见面。1968年3月被关进秦城监狱后，家里人就连他的去向也无法探知。经过子女多次要求，直到1972年8月，才允许他们前去探视。当林枫步履蹒跚地走进探视室时，6个子女都辨认不出自己的父亲了。他的形象变了，瘦削衰惫，眼睛发灰，腰和腿都直不起来，完全失去了原来的风采。
林枫的形象变了，他的铁骨丹心却丝毫没有改变。当子女们确认出他，依偎在他身边的时候，他极为激动地打着手势说：“毛主席有一句话是‘人总是要有一点精神的’，这些年我就是靠这点精神过来的。我给自己取了个名字叫林树乐。人家有‘八段锦’，我给自己编了‘三段锦’，每天坚持做。”
毛泽东亲笔批示：“放他出来治病”
林彪、江青、康生一伙一直用“反林彪”的罪名在林枫身上做文章。但林彪叛国毙命的消息，江青一伙却严密封锁，根本不让他知道。直到事情过了一年以后，子女们前来狱中探视的时候，才冲破“专案组”的封锁，把这个大喜讯带给他。他们商定把消息写在一个人的手臂上，偷偷地给父亲“报信”。因为事先不知道谁会坐在父亲的那一边，四女儿京京就把“林彪叛国已死”几个大字写在双臂内侧，炎热的八月天，穿上长袖衣来遮盖。6个子女在探视室里把林枫围起来，让京京紧挨着他。京京伸出手臂给林枫看时，二女儿双双故意把她不满周岁的女孩拧哭，以作掩护。他们的计划成功了：林枫端着京京的手臂看了又看，放下、又端起来…… 性格内向的林枫，得知林彪“折戟沉沙”的信息后，却再也遏制不住内心的激动。这天回到牢房，他一直默默地坐在铺板上面沉思，根本忘记吃午饭，直到下午四五点钟才被喊“醒”。
儿女们从秦城探监回来，感到父亲病情严重，生命垂危，心情都很沉重。他们马上写了一封信给毛泽东和周恩来，反映父亲在狱中饱受折磨，请求及早抢救。毛泽东看到这封信，立即亲笔批示：“放他出来治病。”这样，生命垂危的林枫方得以出狱，住进北京阜外医院治病。这时候，林彪反革命集团虽已灭亡，康生、江青一伙对他还是不肯放过。尽管有了毛泽东的批示，林枫住进医院的头4个月仍然被“监护”着，禁止走出房门，只许和子女们接触。
12月间，子女们又给毛泽东写信，他才获得了自由。但江青一伙却一直不给他作结论，不给他恢复党籍，生活上也无人过问。拖到1975年5月21日，原中央专案审查小组第一办公室所作《关于林枫同志问题的审查结论》中，還诬说林枫“伪造历史，混入党内”。
面对着当时极为复杂、严重的形势，林枫感到自己可能活不到彻底平反的那一天。他曾严肃地对子女们说：“和正面的敌人作斗争，在战场上会有牺牲；和革命队伍内部隐藏的敌人作斗争，也会有牺牲。干革命，对各种牺牲都要有精神准备。”
1976年9月，由于地震之后波动的生活，他的病情愈加沉重，步履维艰，有时竟会因为喝一口水而呛得喘不上气来。可是在毛泽东追悼会举行那一天，他在那小小的病房里，请夫人郭明秋搀扶着，面向天安门的方向静默、三鞠躬，表示深沉的悼念。
林枫出狱后的5年，始终是在阜外医院度过的。尽管他是一个“没有恢复党籍的人”，还一直躺在病床上，但他对党和国家的命运忧心如焚，没有一天不考虑国家大事，甚至常常寝不成眠。
1975年，邓小平主持中央工作，有些回到工作岗位上的干部，前来医院看望林枫。林枫总是忍着病痛，非常兴奋地同他们促膝长谈，给予热情的鼓励，寄予殷切的希望：“小平同志是要斗争的，你们要支持他工作，他缺帮手啊！”
转过年来，所谓反击“右倾翻案风”的风波使他愤慨，周恩来的逝世引起他莫大的悲痛。
1976年10月6日，中共中央一举粉碎了“四人帮”。尽管阜外医院里有一些正直善良的医生、护士和工人们，尽了最大的努力，对林枫精心治疗和护理，但是他们无法治愈林彪、江青反革命集团残酷迫害对他所造成的致命创伤。
1977年9月29日，林枫的心脏停止了跳动。十一届三中全会以后，中共中央对于林彪、江青反革命集团横加给林枫的罪名统统推翻，彻底予以平反。蒙冤数十载的林枫终以其一身浩然正气，一生光明磊落，赢来了历史公正的结论。