【目的】筛选腹泻仔猪中携毒力基因且多重耐药的大肠杆菌菌株，评估中药水提物对该菌株的抑菌活性，并探索中药抑菌机制。【方法】通过PCR方法与Kirby-Bauer（K-B）药敏纸片法评估临床大肠杆菌菌株的肠毒素基因携带情况和耐药性；通过微量肉汤稀释法评估中药水提物对多重耐药大肠杆菌菌株的抑菌活性，确定最小抑菌浓度（minimal inhibitory concentration, MIC）和最小杀菌浓度（minimal bactericidal concentration, MBC）;通过电导率仪以及相关试剂盒检测评估石榴皮水提物对多重耐药菌株作用不同时间后菌液电导率、碱性磷酸酶（alkaline phosphatase, AKP）含量及菌体内ATP含量的变化；通过SDS-PAGE和蛋白含量检测评估菌体内可溶性蛋白的含量变化；通过扫描电镜观察大肠杆菌形态变化。【结果】PCR检测14株临床大肠杆菌中肠毒素基因携带率达到78.57%,抗生素药敏试验结果显示，所有菌株至少对2种抗生素耐药，均属于多重耐药菌株。中药药敏试验结果显示，黄连、黄芩、石榴皮水提物对多重耐药菌株抑菌活性较好，其中石榴皮水提物的MIC和MBC分别为31.25和62.5 mg/mL。石榴皮水提物在1/2MIC和MIC浓度下能显著抑制质控菌株和多重耐药菌株的生长繁殖。在石榴皮水提物作用大肠杆菌3 h内，菌液电导率相比于对照组极显著上升（P＜0.01）。AKP与ATP检测结果显示，与对照组相比，石榴皮水提物在作用大肠杆菌6 h内，菌液中AKP含量极显著增加（P＜0.01）,菌体内ATP含量极显著降低（P＜0.01）。SDS-PAGE和蛋白含量检测结果显示，随着石榴皮水提物刺激时间增加，菌体内可溶性蛋白含量减少。扫描电镜结果显示，石榴皮刺激后菌体形态发生碎裂和溶解。【结论】本研究结果表明，石榴皮水提物能显著抑制多重耐药且携带肠毒素基因的大肠杆菌生长，为临床治疗大肠杆菌性仔猪腹泻提供理论参考和药物开发依据。