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FMDV属于微RNA病毒科,口蹄疫病毒属成员,是一种单股正链RNA病毒。基因组长度约为8500nt,5’端共价连接一种特殊的小蛋白VPg(3B),其后为一个约1300nt的5’非编码区,与宿主RNA相比,FMDV的5’非编码区没有帽子结构,而是靠一个内部核糖体进入位点(IREs)启动基因组的复制;3’端含有poly(A)的尾巴,尾巴上游为100nt的非编码区。5’非编码区和3’编码区之间为一个大约7500nt的开放阅读框(ORF),编码一个2300aa多聚蛋白,