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目标分配是雷达部队作战指挥的重要内容。遗传算法已被广泛应用于目标分配问题，但以往的遗传算法染色体是向量串的形式，因此在求解过程中容易产生大量的非可行解或不满足约束条件的解。针对此种情况，将目标分配矩阵作为染色体，在求解过程中无需编码和解码，在产生初始种群时就可限定约束条件，而且可根据具体问题设计遗传算子，使算法的求解速度和质量得到明显的改善，仿真结果证实改进后的遗传算法应用于此类问题的可行性和有效性。