为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的“准确性”,将从两个规模化猪场采集的组织样品（A、B）PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序,对两个样品各获得的16条序列进行比对分析。结果显示:A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2%～100%、87.4%～100%,PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7%～97.3%、87.9%～100%。遗传演化分析方面:样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8,占比分别为6.25%、87.50%、6.25%,与其12个亚克隆序列同属于谱系5;样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8,占比分别为68.75%、31.25%,与其10个亚克隆序列同属于谱系5。结果表明,同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性,不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同。结果提示,在生产实际中,通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序,对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义。